AneuFinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.AneuFinder

这是发展AneuFinder版本;稳定发布版本请参见AneuFinder．

单细胞测序数据拷贝数变化分析

Bioconductor版本:开发(3.16)

AneuFinder在单细胞全基因组测序和链序列数据中实现了拷贝数检测、断点检测和核型和异质性分析的功能。

作者:Aaron Taudt, Bjorn Bakker, David Porubsky

维护者:Aaron Taudt < Aaron。在gmail.com taudt >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("AneuFinder")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“AneuFinder”)

PDF	R脚本	快速介绍AneuFinder
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，GenomicVariation，HiddenMarkovModel，ImmunoOncology，测序，SingleCell，软件，WholeGenome
版本	1.25.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (R-3.3)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5),GenomicRanges，ggplot2，cowplot，AneuFinderData
进口	方法，utils, grDevices，图形，统计，foreach，doParallel，BiocGenerics(> = 0.31.6),S4Vectors，GenomeInfoDb，IRanges，Rsamtools，bamsignals，DNAcopy，ecp，Biostrings，GenomicAlignments，reshape2，ggdendro，ggrepel，ReorderCluster，mclust
链接
建议	knitr，BiocStyle，testthat，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ataudt/aneufinder.git
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	AneuFinder_1.25.0.tar.gz
Windows二进制	AneuFinder_1.25.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	AneuFinder_1.25.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AneuFinder
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ AneuFinder
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/AneuFinder/
包下载报告	下载数据