BSGENOME

doi：10.18129/b9.bioc.basgenome

这是发展BSGENOME的版本；对于稳定版本，请参阅BSGENOME。

软件基础架构可有效表示完整基因组及其SNP

生物导体版本：开发（3.16）

所有基于生物创的基因组数据包共享的基础架构。

作者：HervéPagès

维护者：h.pagès

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ bsgenome”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ BSGENOME”）

PDF	R脚本	使用生物弦和BSGENOME数据包进行有效的基因组搜索
PDF	R脚本	如何伪造BSGENOME数据包
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，datarepresentation，，，，遗传学，，，，基础设施，，，，SNP，，，，测序，，，，软件
版本	1.65.1
在生物导体中	Bioc 1.9（R-2.4）（15。5年）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 2.8.0），方法，生物基因（> = 0.13.8），S4VECTORS（> = 0.17.28），iranges（> = 2.13.16），GenomeInfodB（> = 1.25.6），基因组机（> = 1.31.10），生物弦（> = 2.47.6），rtracklayer（> = 1.39.7）
进口	方法，utils，stats，矩阵，，，，生物基因，，，，S4VECTORS，，，，iranges，，，，xvector（> = 0.29.3），GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，生物弦，，，，rsamtools，，，，rtracklayer
链接
建议	生物管理器，，，，生物酶, BSgenome.Celegans.UCSC.ce2, BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38, BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38.masked, BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10, BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn5, BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer1，，，，BSGENOME。Hsapiens.NCBI.GRCh38, TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene, TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene, SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38, XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38, hgu95av2probe,运行
系统要求
增强
URL	//www.andersvercelli.com/packages/bsgenome
BugReports	https://github.com/bioconductor/bsgenome/issues
取决于我	注解，，，，小班夫，，，，chipanalyser，，，，哥特，，，，Helloranges，，，，Leebamviews，，，，Medips，，，，周期性，，，，redseq，，，，rgadem，，，，varcon
进口我	等位基因平衡，，，，感谢，，，，atacseqqc，，，，ATSNP，，，，打，，，，BSSEQ，，，，Busparse，，，，卡格，，，，Chromvar，，，，Circrnaprofiler，，，，清理，，，，夹层，，，，Crisprbowtie，，，，Crisprbwa，，，，CRISPRSEEK，，，，CRISPRSEEKPLUS，，，，Diffhic，，，，dpeak，，，，EnhancerHomogsearch，，，，富集，，，，esatac，，，，EventPointer，，，，Exomepeak2，，，，弗雷泽，，，，GCAPC，，，，基因组化，，，，GenomicDistributionsData，，，，Genvisr，，，，GGBIO，，，，GMAPR，，，，Greylistchip，，，，Guideseq，，，，GVIZ，，，，Hiannotator，，，，hicdcplus，，，，inpas，，，，同工型间分析仪，，，，M6aboost，，，，Madseq，，，，Methrix，，，，甲基赛克，，，，mmdiff2，，，，莫利萨，，，，主题2 sote，，，，Motifbreakr，，，，MotifMatchr，，，，MSGBSR，，，，Multicrispr，，，，mungesumstats，，，，Musicatk，，，，突变模式，，，，nxtirfcore，，，，ORFIK，，，，ping，，，，管框，，，，podkat，，，，QSEA，，，，准，，，，R453plus1toolbox，，，，Rarevariantvis，，，，RCAS，，，，区域人，，，，REMP，，，，repitools，，，，RibosomeProfilingQC，，，，rnamodr，，，，Scmeth，，，，范围，，，，sigspack，，，，Singlemoleculefootprinting，，，，稀疏，，，，Spatzie，，，，尖刺，，，，TAPSEQ，，，，TFBSTOOLS，，，，特雷娜，，，，Trnascanimport，，，，Ularcirc，，，，umi4cats，，，，变体，，，，变体滤波器，，，，变体工具，，，，Xnastring
建议我	生物弦，，，，Biovizbase，，，，Chippeakanno，，，，chipseq，，，，EasyRnaseq，，，，艾萨尔，，，，Generegionscan，，，，GenomeInfodB，，，，基因组签名，，，，GenomicFeatures，，，，基因组机，，，，maftools，，，，metaseqr2，，，，幻影，，，，Plotgardener，，，，Proteodisco，，，，pwmenrich，，，，QDNASEQ，，，，补偿，，，，Ribocrypt，，，，rtracklayer，，，，Sitadela
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	bsgenome_1.65.1.tar.gz
Windows二进制	bsgenome_1.65.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）	BSGenome_1.65.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bsgenome
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/bsgenome
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/bsgenome/
软件包下载报告	下载统计