BatchQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.BatchQC

这是发展BatchQC版本;稳定版请参见BatchQC．

批量效果质量控制软件

Bioconductor版本:开发(3.17)

测序和微阵列样品通常是在多个批次或不同时间收集或处理的。这通常会产生技术偏差，从而导致下游分析中的不正确结果。BatchQC是一个软件工具，它通过提供交互式诊断、可视化和统计分析来简化批处理和评估，以探索批处理变化对数据的影响程度。BatchQC诊断有助于确定是否需要进行批次调整，以及在进行下游分析之前应如何进行校正。此外，BatchQC交互式地对数据应用多种常见批处理效果方法，用户可以快速看到每种方法的好处。BatchQC开发为一个Shiny App。输出被组织成多个选项卡，每个选项卡都具有批处理效果分析和数据可视化的重要部分。BatchQC界面有以下分析组:摘要，微分表达式，中值相关性，热图，圆形树状图，PCA分析，形状，ComBat和SVA。

作者:Solaiappan Manimaran ， W. Evan Johnson ， Heather Selby ， Claire Ruberman ， Kwame Okrah < Kwame。okrah at gmail.com>， Hector Corrada Bravo

维护者:Solaiappan Manimaran

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("BatchQC")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BatchQC”)

超文本标记语言		BatchQC_examples
PDF	R脚本	BatchQC_usage_advanced
超文本标记语言		BatchQCIntro
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，DifferentialExpression，GraphAndNetwork，ImmunoOncology，微阵列，预处理，PrincipalComponent，质量控制，RNASeq，测序，软件，可视化
版本	1.27.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	跑龙套,rmarkdown，knitr，老鸨，gplots，MCMCpack，闪亮的，股东价值分析，corpcor，时刻，matrixStats，ggvis，的热图，reshape2，limma， grDevices，图形，统计，方法，矩阵
链接
建议	testthat
SystemRequirements	用于从markdown文件生成报告的Pandoc (http://pandoc.org/installing.html)。
增强了
URL	https://github.com/mani2012/BatchQC
BugReports	https://github.com/mani2012/BatchQC/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	BatchQC_1.27.0.tar.gz
Windows二进制	BatchQC_1.27.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	BatchQC_1.27.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BatchQC
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BatchQC
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/BatchQC/
软件包下载报告	下载数据