BgeeCall

DOI:10.18129 / B9.bioc.BgeeCall

这是发展BgeeCall版本;稳定版请参见BgeeCall．

自动RNA-Seq存在/缺失基因表达调用生成

Bioconductor版本:开发(3.16)

BgeeCall允许生成存在/不存在的基因表达调用，而不使用像TPM<1这样的任意截止。调用是基于参考基因间序列生成的。这些序列是基于Bgee (https://bgee.org)中集成的每个物种的所有RNA-Seq库的表达而生成的。

作者:Julien Wollbrett [aut, cre]， Sara Fonseca Costa [aut]， Julien Roux [aut]， Marc Robinson Rechavi [ctb]， Frederic Bastian [aut]

维护者:Julien Wollbrett < Julien。Wollbrett在l。ch>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("BgeeCall")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BgeeCall”)

超文本标记语言	R脚本	自动RNA-Seq存在/缺失基因表达调用生成
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpression，RNASeq，软件
版本	1.13.1
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 3.6)
进口	GenomicFeatures，tximport，Biostrings，rtracklayer，biomaRt，jsonlite、方法、dplyr，data.table，sjmisc， grDevices，图形，统计，utils，rslurm，rhdf5
链接
建议	knitr，testthat，rmarkdown，AnnotationHub，httr
SystemRequirements	kallisto
增强了
URL	https://github.com/BgeeDB/BgeeCall
BugReports	https://github.com/BgeeDB/BgeeCall/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	BgeeCall_1.13.1.tar.gz
Windows二进制	BgeeCall_1.13.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	BgeeCall_1.13.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BgeeCall
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BgeeCall
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/BgeeCall/
软件包下载报告	下载数据