BiSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiSeq

这是发展BiSeq版本;稳定的发布版本,请参阅BiSeq

处理和分析酸性亚硫酸盐测序数据

Bioconductor版本:发展(3.16)

BiSeq包提供有用的类和函数来处理和分析目标重亚硫酸盐测序(BS)数据如reduced-representation重亚硫酸盐测序(rrb)数据。特别是,它实现了一个算法来检测差异甲基化区域(dmr)。包已经对齐BS数据从一个或多个样本。

作者:卡佳Hebestreit,汉斯克莱因

维护人员:卡佳Hebestreit <卡佳。在gmail.com hebestreit >

从内部引用(R,回车引用(“BiSeq”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“BiSeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BiSeq”)

PDF R脚本 介绍BiSeq
PDF 参考手册

细节

biocViews DNAMethylation,遗传学,MethylSeq,测序,软件
版本 1.37.0
Bioconductor自 BioC 2.12 (r - 3.0)(9.5年)
许可证 LGPL-3
取决于 R(> = 3.5.0)、方法S4Vectors,IRanges(> = 1.17.24),GenomicRanges,SummarizedExperiment(> = 0.2.0),公式
进口 方法,BiocGenerics,Biobase,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,SummarizedExperiment,rtracklayer平行,betareg,lokern,公式,globaltest
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我 RRBSdata
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包 BiSeq_1.37.0.tar.gz
Windows二进制 BiSeq_1.37.0.zip
macOS 10.13(高山脉) BiSeq_1.37.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiSeq
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BiSeq
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/BiSeq/
包下载报告 下载数据

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