这是发展BiSeq版本;稳定的发布版本,请参阅BiSeq。
Bioconductor版本:发展(3.16)
BiSeq包提供有用的类和函数来处理和分析目标重亚硫酸盐测序(BS)数据如reduced-representation重亚硫酸盐测序(rrb)数据。特别是,它实现了一个算法来检测差异甲基化区域(dmr)。包已经对齐BS数据从一个或多个样本。
作者:卡佳Hebestreit,汉斯克莱因
维护人员:卡佳Hebestreit <卡佳。在gmail.com hebestreit >
从内部引用(R,回车引用(“BiSeq”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“BiSeq”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“BiSeq”)
R脚本 | 介绍BiSeq | |
参考手册 |
biocViews | DNAMethylation,遗传学,MethylSeq,测序,软件 |
版本 | 1.37.0 |
Bioconductor自 | BioC 2.12 (r - 3.0)(9.5年) |
许可证 | LGPL-3 |
取决于 | R(> = 3.5.0)、方法S4Vectors,IRanges(> = 1.17.24),GenomicRanges,SummarizedExperiment(> = 0.2.0),公式 |
进口 | 方法,BiocGenerics,Biobase,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,SummarizedExperiment,rtracklayer平行,betareg,lokern,公式,globaltest |
链接 | |
建议 | |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | RRBSdata |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。
源包 | BiSeq_1.37.0.tar.gz |
Windows二进制 | BiSeq_1.37.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | BiSeq_1.37.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiSeq |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BiSeq |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/BiSeq/ |
包下载报告 | 下载数据 |
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