BindingsIteFinder

doi：10.18129/b9.bioc.bindingsitefinder

这是发展BindingsIteFinder的版本；对于稳定版本，请参阅BindingsIteFinder。

基于ICLIP数据的绑定站点挠度

生物导体版本：开发（3.16）

RNA结合蛋白（RBP）的结合位点上的精确知识是理解（后）转录调节过程的关键。在这里，我们提出了一个工作流，该工作流程描述了如何从ICLIP数据定义精确的绑定位点。该软件包提供了用于绑定站点定义和结果可视化的功能。有关详细信息，请参阅小插图。

作者：MirkoBrüggemann[AUT，CRE]，Kathi Zarnack [aut]

维护者：MirkoBrüggemann

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ bindingsitefinder”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ BindingsIteFinder”）

html	R脚本	ICLIP信号的绑定位点的定义
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	覆盖范围，，，，DataImport，，，，功能基因组学，，，，基因表达，，，，结肠管制，，，，测序，，，，软件
版本	1.3.0
在生物导体中	Bioc 3.14（R-4.1）（0.5岁）
执照	艺术2.0
要看	基因组机，r（> = 4.1）
进口	花花公子，，，，plyr，，，，矩阵，统计GGPLOT2， 方法，rtracklayer，，，，S4VECTORS，，，，GGFORCE
链接
建议	测试，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，dplyr，，，，基因组签名，，，，复杂的图像，，，，GenomeInfodB，，，，福卡，，，，秤
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/zarnackgroup/bindingsitefinder/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	BindingsIteFinder_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	BindingsIteFinder_1.3.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	bindingsfinder_1.3.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bindingsitefinder
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/bindingsItefinder
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/bindingsitefinder/
软件包下载报告	下载统计