狂欢节

DOI:10.18129 / B9.bioc.CARNIVAL

这是发展嘉年华版;稳定发布版本请参见狂欢节。

使用整数值编程的网络识别(来自基因表达数据)的因果推理工具

Bioconductor版本:开发(3.16)

Melas等人在R中升级的因果推理工具，根据PROGENy评分更新了tf的权重分配。优化参数可以自由调整，多个解可以得到和聚合。

作者:Enio Gjerga [aut]，帕努瓦特·特拉特菲桑[西班牙语]，Anika Liu[西班牙语]，Alberto Valdeolivas[西班牙语]，Nikolas Peschke[西班牙语]，Aurelien Dugourd[西班牙语]，Attila Gabor[西班牙语]，Olga Ivanova[西班牙语]

维护者:阿提拉·加博<阿提拉。Gabor at uni-heidelberg.de b>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化biocdevel的使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("CARNIVAL")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“狂欢节”)

超文本标记语言	R脚本	嘉年华从表达足迹中分析大规模信号网络
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，网络，软件，转录组
版本	2.7.1
在Bioconductor中	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0)
进口	readr，stringr，lpSolve，igraph，dplyr，宠物猫，tidyr，rjson，rmarkdown
链接
建议	RefManageR，BiocStyle，covr，knitr，testthat(> = 3.0.0),sessioninfo
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/saezlab/CARNIVAL
BugReports	https://github.com/saezlab/CARNIVAL/issues
这取决于我
进口我	cosmosR
建议我	dce
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	CARNIVAL_2.7.1.tar.gz
Windows二进制	CARNIVAL_2.7.1.zip
macOS二进制文件(x86_64)	CARNIVAL_2.7.1.tgz
macOS二进制(arm64)	CARNIVAL_2.7.1.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/CARNIVAL
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/CARNIVAL
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CARNIVAL/
软件包下载报告	下载数据