催化剂

doi：10.18129/b9.bioc.catalyst

这是发展催化剂的版本；对于稳定版本，请参阅催化剂。

细胞仪数据分析工具

生物导体版本：开发（3.14）

质量细胞仪（CYTOF）使用重金属同位素而不是荧光标签作为记者标记抗体，从而大大降低了光谱重叠，并允许检查单个细胞水平的50多个参数。虽然在细胞术中，光谱重叠在细胞仪中的明显明显不高，但由于检测敏感性，同位素杂质而引起的溢出，氧化物的形成会阻碍数据的可解释性。我们设计了催化剂（细胞术数据分析工具），以提供用于预处理细胞术数据的管道，包括i）使用珠标准标准，ii）单细胞反卷积和iii）基于珠的补偿。

作者：Helena L. Crowell [AUT，CRE]，Vito R.T.Zanotelli [AUT]，StéphaneChevrier[AUT，DTC]，Mark D. Robinson [Aut，FND]，Bernd Bodenmiller [FND]

维护者：Helena L. Crowell

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）＃以下初始化了Bioc Devel Biocmanager :: Install（decon ='devel'）biocmanager :: install（'catalyst'devel'）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“催化剂”）

html	R脚本	1.预处理
html	R脚本	2.差异发现
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	聚类，，，，差异性，，，，实验设计，，，，流程仪，，，，免疫学，，，，质谱，，，，正常化，，，，预处理，，，，Singlecell，，，，软件，，，，统计信息，，，，可视化
版本	1.17.0
在生物导体中	Bioc 3.5（R-3.4）（4年）
执照	GPL（> = 2）
要看	r（> = 4.0），Singlecellexperiment
进口	循环，，，，复杂的图像，，，，共识ClusterPlus，，，，牛仔图，，，，Data.Table，，，，dplyr，，，，刚果，，，，流核，，，，流动，，，，GGPLOT2，，，，Ggrepel，，，，Ggridges，图形，grdevices，网格，栅格，，，，马格里特，，，，矩阵，，，，矩阵， 方法，nnls，，，，purrr，，，，rcolorbrewer，，，，RESHAPE2，，，，RTSNE，，，，总结性特征，，，，S4VECTORS，，，，秤，，，，评分，统计
链接
建议	生物使用，，，，diffcyt，，，，FlowWorkspace，，，，ggcyto，，，，尼特，，，，opencyto，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，UWOT
系统要求
增强
URL	https://github.com/helenalc/catalyst
BugReports	https://github.com/helenalc/catalyst/issues
取决于我	CytofworkFlow
进口我
建议我	diffcyt，，，，Treekor
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	catalyst_1.17.0.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）	catalyst_1.17.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/catalyst
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/催化剂
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/catalyst/
软件包下载报告	下载统计