CINdex

DOI:10.18129 / B9.bioc.CINdex

这是发展CINdex版本;稳定发布版本请参见CINdex．

染色体不稳定指数

Bioconductor版本:开发(3.16)

CINdex包解决了高通量基因组分析的重要领域。它允许自动处理和分析由Affymetrix SNP 6.0阵列或类似高通量技术生成的实验DNA拷贝数数据。它计算染色体不稳定性(CIN)指数，使定量表征全基因组DNA拷贝数变化作为染色体不稳定性的一种度量。这个程序包不仅计算总体基因组的不稳定性，还计算在染色体和细胞带水平上拷贝数获得和丢失的不稳定性。

作者:宋雷[aut](乔治城大学医学中心生物医学信息学创新中心)，Krithika Bhuvaneshwar [aut](乔治城大学医学中心生物医学信息学创新中心)，王岳[aut, ths](弗吉尼亚理工学院和州立大学)，冯元剑[aut](弗吉尼亚理工学院和州立大学)，施伊明[aut](约翰霍普金斯大学医学院)，Subha Madhavan [aut](生物医学信息学创新中心，乔治城大学医学中心)，Yuriy Gusev(乔治城大学医学中心生物医学信息创新中心)

维护人:Yuriy Gusev

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("CINdex")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“CINdex”)

PDF	R脚本	CINdex教程
PDF	R脚本	如何获取细胞带和染色信息
PDF	R脚本	为CINdex准备输入数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，遗传学，GenomicVariation，微阵列，测序，软件，aCGH
版本	1.25.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (R-3.3)(6年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.3),GenomicRanges
进口	bitops，gplotsgrDevices,耶鲁大学管理学院，dplyr，gridExtra，png，stringr，S4Vectors，IRanges，GenomeInfoDb，图形，统计，效用
链接
建议	knitr，testthat，ReactomePA，RUnit，BiocGenerics，AnnotationHub，rtracklayer，pd.genomewidesnp.6，org.Hs.eg.db，biovizBase，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene、方法、Biostrings，Homo.sapiens，R.utils
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	CINdex_1.25.0.tar.gz
Windows二进制	CINdex_1.25.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	CINdex_1.25.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CINdex
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CINdex
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CINdex/
包下载报告	下载数据