CRISPRSEEK

doi：10.18129/b9.bioc.crisprseek

这是发展CRISPRSEEK的版本；对于稳定版本，请参阅CRISPRSEEK。

CRISPR-CAS9中针对特定目标指南的设计，基因组编辑系统

生物导体版本：开发（3.16）

该软件包包括为CRISPR编辑系统找到潜在的指南RNA的功能，得分，等级，提取侧序序列，并指示目标和脱离目标是否位于外显子区域。潜在的指南RNA带有TOP5和顶部脱离目标的总分，详细的TOPN不匹配位点，限制性酶切割位点以及配对的指南RNA。该包还为CAS9目标站点输出Indels及其频率。

Author: Lihua Julie Zhu, Paul Scemama, Benjamin R. Holmes, Hervé Pagès, Kai Hu, Hui Mao, Michael Lawrence, Isana Veksler-Lublinsky, Victor Ambros, Neil Aronin and Michael Brodsky

维护者：Lihua Julie Zhu

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ crisprseek”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Crisprseek”）

PDF	R脚本	CRISPRSEEK VIGNETTE
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	CRISPR，，，，结肠管制，，，，免疫学，，，，测序，，，，软件
版本	1.37.0
在生物导体中	Bioc 2.14（R-3.1）（8年）
执照	GPL（> = 2）
要看	r（> = 3.5.0），生物基因，，，，生物弦
进口	平行，Data.Table，，，，seqinr，，，，S4VECTORS（> = 0.9.25），iranges，，，，BSGENOME，，，，哈希， 方法，网状，，，，RHDF5，，，，xvector，，，，延迟，，，，GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，dplyr，，，，凯拉斯，，，，mltools
链接
建议	运行，，，，生物使用，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，org.hs.eg.db，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene，，，，org.mm.eg.db，，，，格子，，，，大量的，，，，TensorFlow，，，，测试
系统要求
增强
URL
取决于我	CRISPRSEEKPLUS
进口我	Guideseq，，，，Multicrispr
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	crisprseek_1.37.0.tar.gz
Windows二进制	CRISPRSEEK_1.37.0.ZIP
MacOS 10.13（高山脉）	CRISPRSEEK_1.37.0.TGZ
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crisprseek
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/crisprseek
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/crisprseek/
软件包下载报告	下载统计