别致的

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIC

这是发展ChIC版;稳定版请参见别致的．

ChIP-Seq数据质量控制管道

Bioconductor版本:开发(3.17)

基于富集剖面的局部特征，使用一套全面的QC指标，包括以前提出的指标以及新指标，用于ChIP-seq数据的质量控制(QC)管道。该软件包提供了计算一组QC指标的函数，一个包含参考值的概要和机器学习模型，以对样品质量进行评分。

作者:卡门·玛丽亚·利维

维护者:Carmen Maria Livi < Carmen。Livi在external.ifom.eu>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ChIC")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“时髦”)

PDF	R脚本	别致的
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq，质量控制，软件
版本	1.19.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年)
许可证	GPL-2
取决于	spp, R (>= 3.6)
进口	ChIC.data(> = 1.11.1),caTools、方法、GenomicRanges，IRanges平行,进步，randomForest，脱字符号， grDevices，统计，utils，图形，S4Vectors，BiocGenerics，genomeIntervals，Rsamtools
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	ChIC_1.19.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIC
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ChIC
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ChIC/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ChIC/
软件包下载报告	下载数据