ChIPQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPQC

这是发展ChIPQC版本;稳定发布版本请参见ChIPQC．

ChIPseq数据的质量指标

Bioconductor版本:开发(3.16)

ChIPseq数据的质量指标。

作者:Tom Carroll, Wei Liu, Ines de Santiago, Rory Stark

维护者:Tom Carroll ， Rory Stark < Rory。Stark网址:cruk.cam.ac.uk>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #下面初始化BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ChIPQC")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“ChIPQC”)

PDF	R脚本	使用ChIPQC评估ChIP-seq样品质量
PDF		ChIPQCSampleReport.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,质量控制,ReportWriting,测序,软件
版本	1.33.0
在Bioconductor中	BioC 2.14 (R-3.1)(8年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 3.5.0)，ggplot2,DiffBind,GenomicRanges(> = 1.17.19)
进口	BiocGenerics(> = 0.11.3),S4Vectors(> = 0.1.0),IRanges(> = 1.99.17),Rsamtools(> = 1.17.28),GenomicAlignments(> = 1.1.16),chipseq(> = 1.12.0),gtools,BiocParallel、方法、reshape2,喷嘴。R1,Biobase、grDevices、stats、utils、GenomicFeatures,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn4.ensGene,TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene
链接
建议	BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	ChIPQC_1.33.0.tar.gz
Windows二进制	ChIPQC_1.33.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ChIPQC_1.33.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/ChIPQC
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/ChIPQC
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ChIPQC/
软件包下载报告	下载数据