chipanalyser

doi：10.18129/b9.bioc.chipanalyser

这是发展Chipanalyser的版本；对于稳定版本，请参阅chipanalyser。

chipanalyser：预测转录因子结合位点

生物导体版本：开发（3.16）

基于统计热力学框架，Chipanalyser试图产生类似芯片的轮廓。该模型依赖于四个考虑：可以使用位置权重矩阵对TF结合位点进行评分，DNA可访问性在转录因子结合中起作用，结合曲线取决于与DNA结合的转录因子的数量和最终结合能（另一种方式）描述PWM的）或结合特异性应进行调制（因此引入结合特异性调制器）。Chipanalyser的最终结果是产生模拟真实芯片曲线的曲线，并在将其与真实芯片seq数据进行比较后提供这些预测概况的准确度测量。最终目标是产生像曲线的曲线，以预测chip-seq类似曲线，以规避产生昂贵的芯片seq实验的需求。

作者：Patrick C.N.Martin和Nicolae Radu Zabet

维护者：帕特里克C.N.Martin

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ chipanalyser”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Chipanalyser”）

PDF	R脚本	chipanalyser用户指南
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	结盟，，，，生物问题，，，，chipseq，，，，芯片奇普，，，，覆盖范围，，，，DataImport，，，，峰值探测，，，，测序，，，，测序，，，，软件，，，，转录，，，，工作流程
版本	1.19.0
在生物导体中	Bioc 3.6（R-3.4）（4。5年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 3.5.0），基因组机，，，，生物弦，，，，BSGENOME，，，，rcpproll， 平行
进口	方法，iranges，，，，S4VECTORS，grdevices，图形，统计，utils，rtracklayer，，，，rocr，，，，生物管理器，，，，GenomeInfodB
链接
建议	bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3，尼特，，，，运行，，，，生物基因
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	chipanalyser_1.19.0.tar.gz
Windows二进制	chipanalyser_1.19.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	chipanalyser_1.19.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chipanalyser
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/chipanalyser
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/chipanalyser/
软件包下载报告	下载统计