COGAPS

doi：10.18129/b9.bioc.cogaps

这是发展cogaps的版本；对于稳定版本，请参阅COGAPS。

模式集的协调基因活性

生物导体版本：开发（3.16）

模式集（COGAPS）中协调的基因活性实现了贝叶斯MCMC基质分解算法，间隙，并将其与基因集统计方法联系起来，以推断生物学过程活动。它可用于对任何数据执行稀疏的矩阵分解，当该数据代表生物分子以进行基因集分析。

作者：托马斯·谢尔曼（Thomas Sherman），Wai-Shing Lee，Conor Kelton，Ondrej Maxian，Jacob Carey，Genevieve Stein-O'Brien，Michael Considine，Maggie Wodicka，John Stansfield，Shawn Sivy，Carlo Colantuoni，Alexander，Alexander Featov，Mike Ochs，Elana Ferov，Elanaforov，Elanaforov，Elana Fertov，Elana Fertov，

维护者：Elana J. Fertig ，Thomas D. Sherman ，Jeanette Johnson

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ cogaps”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Cogaps”）

html	R脚本	COGAPS
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	贝叶斯，，，，聚类，，，，差异性，，，，维度，，，，基因表达，，，，基因烯，，，，免疫学，，，，微阵列，，，，多重组合，，，，rnaseq，，，，软件，，，，时间科，，，，转录
版本	3.17.0
在生物导体中	Bioc 2.7（R-2.12）（11。5年）
执照	bsd_3_clause +文件执照
要看	R（> = 3.5.0）
进口	生物比较，，，，簇， 方法，GPLOTS，图形，grdevices，rcolorbrewer，，，，RCPP，，，，S4VECTORS，，，，Singlecellexperiment，统计总结性特征，工具，utils，RHDF5
链接	RCPP，，，，BH
建议	测试，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我	Projectr
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	cogaps_3.17.0.tar.gz
Windows二进制	cogaps_3.17.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	cogaps_3.17.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cogaps
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/cogaps
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/cogaps/
软件包下载报告	下载统计