化合物

doi：10.18129/b9.bioc.compounddb

这是发展gompounddb的版本;对于稳定版本，请参阅化合物。

创建和使用（化学）复合注释数据库

生物导体版本：开发（3.16）

CompoundDB提供了来自各种不同来源（例如LipidMaps，HMDB，Chebi或Massbank）的创建和使用（化学）复合注释数据库的功能。数据库格式允许存储其他MS/MS Spectra以及复合信息。该软件包还提供了生物导体光谱套件的后端，因此允许将实验MS/MS光谱与数据库中的MS/MS光谱匹配。数据库可以以SQLite格式存储，因此可以便携。

作者：Jan Stanstrup [aut]，约翰内斯·雷纳[AUT，CRE]，Josep M. Badia [CTB]，Roger Gine [aut]，Andrea Vicini [aut]

维护者：约翰内斯·雷纳（Johannes Rainer）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ compounddb”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ compounddb”）

html	R脚本	创建化合物DB注释资源
html	R脚本	使用CompoundDB软件包使用注释资源
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，质谱，，，，代谢组学，，，，软件
版本	1.1.3
在生物导体中	Bioc 3.15（R-4.2）（<6个月）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 4.1），方法，AnnotationFilter，，，，S4VECTORS
进口	生物基因，，，，化学机器，，，，蒂布尔，，，，jsonlite，，，，dplyr，，，，DBI，，，，dbplyr，，，，rsqlite，，，，生物酶，，，，蛋白质，，，，XML2，，，，iranges，，，，光谱（> = 1.5.17），mscoreutils，，，，代谢核心
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，生物使用（> = 2.5.19），msbackendmgf
系统要求
增强
URL	https://github.com/rformassspectrometry/compounddb
BugReports	https://github.com/rformassspectrometry/compounddb/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	compounddb_1.1.3.tar.gz
Windows二进制	compounddb_1.1.3.zip
MacOS 10.13（高山脉）	compounddb_1.1.3.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/compounddb
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/compounddb
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/compounddb/
软件包下载报告	下载统计