部

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEP

这是发展版本管理;稳定发布版本请参见部．

蛋白质组学数据的差异富集分析

Bioconductor版本:开发(3.16)

该软件包提供了一个集成的分析工作流，用于差异蛋白表达或差异富集的质谱蛋白质组学数据的健壮性和可重复性分析。它需要由原始质谱数据的定量分析软件(如MaxQuant或IsobarQuant)生成的表格式输入(如txt文件)。提供了数据准备、筛选、方差归一化和缺失值的归一化以及差异富集/表达蛋白的统计检验功能。它还包括检查工作流中的中间步骤的工具，例如规范化和缺失值归责。最后，提供了可视化工具来探索结果，包括热图，火山图和barplot表示。对于在R方面经验有限的科学家来说，这个包还包含包含完整分析工作流和生成报告的包装器功能。更容易使用的是由包提供的交互式闪亮应用程序。

作者:Arne Smits [cre, aut]， Wolfgang Huber [aut]

维护者:Arne Smits < Smits。阿恩在gmail.com >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("DEP")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“部”)

超文本标记语言	R脚本	部:介绍
超文本标记语言	R脚本	DEP:缺少值处理
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataRepresentation，DifferentialExpression，ImmunoOncology，MassSpectrometry，蛋白质组学，软件
版本	1.19.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (R-3.4)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5)
进口	ggplot2，dplyr，purrr，readr，宠物猫，tidyr，SummarizedExperiment(> = 1.11.5),MSnbase，limma，vsn，fdrtool，ggrepel，ComplexHeatmap，RColorBrewer，circlize，闪亮的，shinydashboard，DT，rmarkdown，为了，gridExtra、网格数据,imputeLCMD，集群
链接
建议	testthat，enrichR，knitr，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	proDA，RforProteomics
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	DEP_1.19.0.tar.gz
Windows二进制	DEP_1.19.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	DEP_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEP
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/管理
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DEP/
包下载报告	下载数据