deseq2

doi:10.18129/b9.bioc.deseq2

这是发展DESEQ2的版本;对于稳定版本,请参阅deseq2

基于负二项式分布的差异基因表达分析

生物导体版本:开发(3.13)

估计来自高通量测序测定法的计数数据的依赖性依赖性,并基于模型使用负二项式分布测试差异表达。

作者:迈克尔·洛夫[AUT,CRE],康斯坦丁·艾尔曼·埃尔特兹[CTB],夸梅·福布斯[CTB],Simon Anders [AUT,CTB],Wolfgang Huber [AUT,CTB]

维护者:迈克尔·洛夫(Michael Love)

引用(从r内,输入引用(“ deseq2”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.1”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)#以下初始化了Bioc devel Biocmanager :: install(decon ='devel')biocmanager :: Install(deseq2'deseq2“))

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ deseq2”)

html R脚本 用DESEQ2分析RNA-Seq数据
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 贝叶斯,,,,chipseq,,,,聚类,,,,差异性,,,,基因表达,,,,免疫学,,,,正常化,,,,委托人,,,,rnaseq,,,,回归,,,,测序,,,,软件,,,,转录
版本 1.31.8
在生物导体中 Bioc 2.12(R-3.0)(8年)
执照 LGPL(> = 3)
要看 S4VECTORS(> = 0.23.18),iranges,,,,基因组机,,,,总结性特征(> = 1.1.6)
进口 生物基因(> = 0.7.5),生物酶,,,,生物比较,,,,GeneFilter,方法,stats4,Locfit,,,,Geneplotter,,,,GGPLOT2,,,,RCPP(> = 0.11.0)
链接 RCPP,,,,rcpparmadillo
建议 测试,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,VSN,,,,pheatmap,,,,rcolorbrewer,,,,apeglm,,,,阿什,,,,tximport,,,,tximeta,,,,tximportdata,,,,readr,,,,pbapply,,,,呼吸道,,,,帕西拉(> = 0.2.10),Glmgampoi,,,,生物管理器
系统要求
增强
URL https://github.com/mikelove/deseq2
取决于我 Dewseq,,,,dexseq,,,,metaseqr2,,,,RGSEPD,,,,rnaseqdtu,,,,rnaseqgene,,,,seqgsea,,,,TCC,,,,翻译,,,,XBSEQ
进口我 阿纳金,,,,动物库,,,,anota2seq,,,,apalyzer,,,,BloodCancermultiomics2017,,,,Brgenomics,,,,CETF,,,,Circrnaprofiler,,,,共识,,,,Coseq,,,,countsimqc,,,,达米尔塞克,,,,碎片器,,,,分解疾病,,,,变形,,,,DegReport,,,,Deltacapturec,,,,Desubs,,,,差异,,,,EBSEA,,,,EEGC,,,,ERSSA,,,,Exomepeak2,,,,fieldeffectcrc,,,,gdcrnatools,,,,遗传,,,,Genogam,,,,glimma,,,,htsfilter,,,,冰茶,,,,理想的,,,,ihwpaper,,,,检查,,,,兴趣,,,,Isomirs,,,,,,,,微生物塑料,,,,mlseq,,,,马斯喀特,,,,nbamseq,,,,ORFIK,,,,校长,,,,Pathostat,,,,PCAEXPLORER,,,,phantasus,,,,proactiv,,,,recountworkflow,,,,雷根里奇,,,,地区报告,,,,报告工具,,,,rmmquant,,,,rnaseqr,,,,SCBFA,,,,SCGPS,,,,Singlecelltk,,,,Snphood,,,,空间Heatmap,,,,Srnadiff,,,,Systempiper,,,,tbsignatureprofiler,,,,次级表演,,,,umi4cats,,,,vidger,,,,瓦肯
建议我 骨料,,,,apeglm,,,,小班夫,,,,生物室,,,,生物基因,,,,生物剂,,,,生物群,,,,卡格,,,,CageWorkFlow,,,,compcoder,,,,策展adipochip,,,,策展人,,,,dearseq,,,,德芬德,,,,diffloop,,,,Dittoseq,,,,EDASEQ,,,,增强的Volcano,,,,富集兄弟,,,,鱼池,,,,氟化物学,,,,量规,,,,基因组签名,,,,基因组机,,,,Glmgampoi,,,,ihw,,,,JCTSEQDATA,,,,Mirmine,,,,关键,,,,门索,,,,后代,,,,恰当的,,,,叙事,,,,regparallel,,,,Ruvseq,,,,斯克兰,,,,single.mtec.transcriptomes,,,,subseq,,,,总结,,,,tfea.chip,,,,tidybulk,,,,topaseq,,,,TopConfects,,,,tximeta,,,,tximport,,,,方差分区,,,,扳手,,,,Zinbwave
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 deseq2_1.31.8.tar.gz
Windows二进制 deseq2_1.31.8.zip
MacOS 10.13(高山脉) deseq2_1.31.8.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/deseq2
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/deseq2
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/deseq2/
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