DMRcaller

DOI:10.18129 / B9.bioc.DMRcaller

这是发展DMRcaller版本;稳定版请参见DMRcaller．

差异甲基化区域调用者

Bioconductor版本:开发(3.17)

使用亚硫酸氢盐在两种条件下的测序数据，并确定CG和非CG条件下甲基化区域的差异。输入是Bismark生成的CX报告文件，输出是存储为grange对象的DMRs列表。

作者:Nicolae Radu Zabet ，Jonathan Michael Foonlan Tsang , Alessandro Pio Greco and Ryan Merritt

维护者:Nicolae Radu Zabet

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("DMRcaller")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“DMRcaller”)

PDF	R脚本	DMRcaller
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，DNAMethylation，DifferentialMethylation，测序，软件
版本	1.31.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(8年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5)，GenomicRanges，IRanges，S4Vectors(> = 0.23.10)
进口	平行,Rcpp，RcppRoll，betareg， grDevices，图形，方法，统计，utils
链接
建议	knitr，RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	DMRcaller_1.31.0.tar.gz
Windows二进制	DMRcaller_1.31.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	DMRcaller_1.31.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	DMRcaller_1.31.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMRcaller
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DMRcaller
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/DMRcaller/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DMRcaller/
软件包下载报告	下载数据