DifferentialRegulation

DOI:10.18129 / B9.bioc.DifferentialRegulation

这是发展DifferentialRegulation版本;稳定的发布版本,请参阅DifferentialRegulation。

从scRNA-seq数据不同调控基因

Bioconductor版本:发展(3.17)

DifferentialRegulation方法检测两组之间的差异调节基因样本(例如,健康与疾病,或治疗比未经处理的样品),针对不同的拼接和unspliced mRNA丰度的平衡,获得从单细胞RNA-sequencing (scRNA-seq)数据。DifferentialRegulation占样本变异性,在贝叶斯层次模型和嵌入多个样本。特别是,当读取兼容多个基因或多个基因的剪接版本(unspliced拼接或含糊不清),该方法分配这些multi-mapping读取基因的起源及其剪接版。参数推断通过马尔可夫链蒙特卡罗(密度)技术(Metropolis-within-Gibbs)。

作者:西蒙Tiberi (aut (cre)

维护人员:西蒙Tiberi <西蒙。在uzh.ch tiberi >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“DifferentialRegulation”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“DifferentialRegulation”)

HTML	R脚本	DifferentialRegulation
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯,DifferentialExpression,DifferentialSplicing,GeneExpression,GeneTarget,遗传学,MultipleComparison,RNASeq,测序,SingleCell,软件,StatisticalMethod,转录,可视化
版本	1.3.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	方法,Rcpp,doRNG,质量,data.table,doParallel平行,foreach统计数据,强盗,矩阵,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,ggplot2
链接	Rcpp,RcppArmadillo
建议	knitr,rmarkdown,testthat,BiocStyle
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/SimoneTiberi/DifferentialRegulation
BugReports	https://github.com/SimoneTiberi/DifferentialRegulation/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	DifferentialRegulation_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	DifferentialRegulation_1.3.0.zip
macOS二进制(x86_64)	DifferentialRegulation_1.3.0.tgz
macOS二进制(arm64)	DifferentialRegulation_1.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DifferentialRegulation
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DifferentialRegulation
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/DifferentialRegulation/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DifferentialRegulation/
包下载报告	下载数据