Epicompare

doi：10.18129/b9.bioc.epicompare

这是发展Epicompare的版本；对于稳定版本，请参阅Epicompare。

表观遗传数据集的比较，基准测试和QC

生物导体版本：开发（3.16）

Epicompare用于比较和分析表观遗传数据集，以进行质量控制和基准测试。该软件包输出了由三个部分组成的HTML报告：（1。一般指标）峰值的指标（黑名单和非标准峰的百分比，峰值宽度）以及样本的片段（重复率），（2。峰重叠）百分比重叠和非重叠峰的统计显着性。还包括峰值的障碍图和（3.功能注释）功能注释（Chromhmm，Chipseeker和富集分析）。还包括TSS周围的峰值富集。

作者：Sera Choi [AUT，CRE]，Brian Schilder [AUT]，艾伦·墨菲[aut]，内森·斯凯恩[aut]

维护者：gmail.com上的Sera Choi

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ epicompare”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Epicompare”）

html	R脚本	Epicompare
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	Atacseq，，，，chipseq，，，，DNASESEQ，，，，表观遗传学，，，，功能基因组学，，，，遗传学，，，，多重组合，，，，QualityControl，，，，软件
版本	1.1.0
在生物导体中	Bioc 3.15（R-4.2）（<6个月）
执照	GPL-3
要看	R（> = 4.1.0）
进口	基因组机，，，，基因组化，，，，iranges，，，，RESHAPE2，，，，GGPLOT2，，，，Chipseeker，，，，Brgenomics，，，，clusterProfiler，，，，情节，，，，Stringr，，，，dplyr，，，，花花公子，，，，insctr，，，，rmarkDown，，，，rtracklayer，，，，AnnotationHub，utils，统计，方法，org.hs.eg.db，，，，S4VECTORS，，，，马格里特，，，，plyranges
链接
建议	测试（> = 3.0.0），獾，，，，尼特，，，，htmlwidgets，，，，生物使用，，，，Data.Table，，，，生物比较，，，，Biocfilecache，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown
系统要求
增强
URL	https://github.com/neurogenomics/epicompare
BugReports	https://github.com/neurogenomics/epicompare/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Epicompare_1.1.0.tar.gz
Windows二进制	Epicompare_1.1.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Epicompare_1.1.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epicompare
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/Epicompare
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/epicompare/
软件包下载报告	下载统计