FlowSOM

DOI:10.18129 / B9.bioc.FlowSOM

这是发展FlowSOM版本;稳定版请参见FlowSOM．

使用自组织图进行细胞术数据的可视化和解释

Bioconductor版本:开发(3.16)

FlowSOM通过使用自组织映射聚类和最小生成树，为细胞术数据提供了可视化选项。

作者:sophie Van Gassen [aut, cre]， Artuur Couckuyt [aut]， Katrien Quintelier [aut]， Annelies Emmaneel [aut]， Britt Callebaut [aut]， Yvan Saeys [aut]

维护者:苏菲·范·加森<苏菲。Vangassen在ugent

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("FlowSOM")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“FlowSOM”)

PDF	R脚本	FlowSOM
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CellBasedAssays，CellBiology，聚类，FlowCytometry，软件，可视化
版本	2.5.2
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(7年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 4.0)，igraph
进口	属性,跑龙套,colorRamps，ConsensusClusterPlus，dplyr，flowCore，ggforce，ggnewscale，ggplot2，ggpubrgrDevices,magrittr、方法、rlang，Rtsne，tidyr，BiocGenerics，XML
链接
建议	BiocStyle，testthat，CytoML，flowWorkspace，ggrepel，pheatmap，ggpointdensity
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.r-project.orghttp://dambi.ugent.be
全靠我
进口我	催化剂，CytoTree，diffcyt，MetaCyto
建议我	HDCytoData
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	FlowSOM_2.5.2.tar.gz
Windows二进制	FlowSOM_2.5.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	FlowSOM_2.5.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FlowSOM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/FlowSOM
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/FlowSOM/
软件包下载报告	下载数据