FunChIP

DOI:10.18129 / B9.bioc.FunChIP

这是发展FunChIP版本;稳定发布版本请参见FunChIP．

基于形状的ChIP-Seq峰的聚类和对齐

Bioconductor版本:开发(3.16)

ChIP-Seq峰的预处理和平滑以及k-mean对齐算法的高效实现。

作者:Alice Parodi [aut, cre]， Marco Morelli [aut, cre]， Laura M. Sangalli [aut]， Piercesare Secchi [aut]， Simone Vantini [aut]

维护者:Alice Parodi

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("FunChIP")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“FunChIP”)

PDF	R脚本	FunChIP的介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，聚类，软件，StatisticalMethod
版本	1.23.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (R-3.3)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),GenomicRanges
进口	闪亮的，食品及药物管理局，doParallel，GenomicAlignments，Rcpp、方法、foreach平行,GenomeInfoDb，Rsamtools， grDevices，图形，统计，RColorBrewer
链接	Rcpp
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	FunChIP_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	FunChIP_1.23.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	FunChIP_1.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FunChIP
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ FunChIP
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/FunChIP/
包下载报告	下载数据