Gapgom

doi：10.18129/b9.bioc.gapgom

这是发展Gapgom的版本；对于稳定版本，请参阅Gapgom。

GAPGOM（新的基因注释预测和其他GO指标）

生物导体版本：开发（3.16）

集合LNCRNA注释预测的各种措施和工具放入了可重新分布的R包中。该软件包包含两种主要算法；lncrna2goa和topoicsim。LNCRNA2GOA尝试通过在相关表达数据上使用各种相关/几何评分方法来注释新基因（在这种情况下）。关联/评分后，结果被注释并丰富。Topoicsim是一种基于拓扑的方法，可以根据GO术语之间的信息内容（IC）比较基因相似性。

作者：Rezvan Ehsani [AUT，CRE]，Casper van Mourik [aut]，FinnDrabløs[aut]

维护者：rezvan ehsani

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ gapgom”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

PDF		参考手册

细节

生物浏览	去，，，，基因表达，，，，遗传，，，，软件
版本	1.13.0
在生物导体中	Bioc 3.9（R-3.6）（3年）
执照	麻省理工学院 +文件许可证
要看	R（> = 4.0）
进口	统计，utils，方法，矩阵，，，，FastMatch，，，，plyr，，，，dplyr，，，，马格里特，，，，Data.Table，，，，Igraph，，，，图形，，，，rbgl，，，，go.db，，，，org.hs.eg.db，，，，org.mm.eg.db，，，，Gosemsim，，，，地球，，，，AnnotationDbi，，，，生物酶，，，，Biocfilecache，，，，矩阵
链接
建议	org.dm.eg.db，，，，org.rn.eg.db，，，，org.sc.sgd.db，，，，org.dr.eg.db，，，，org.ce.eg.db，，，，org.at.tair.db，，，，org.eck12.eg.db，，，，org.bt.eg.db，，，，org.cf.eg.db，，，，org.ag.eg.db，，，，org.ecsakai.eg.db，，，，org.gg.eg.db，，，，org.pt.eg.db，org.pf.plasmo.db，org.mmu.eg.db，，，，org.ss.eg.db，，，，org.xl.eg.db，，，，测试，，，，普里尔，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，Prettydoc，，，，GGPLOT2，，，，KableExtra，，，，profvis，，，，RESHAPE2
系统要求
增强
URL	https://github.com/berghopper/gapgom/
BugReports	https://github.com/berghopper/gapgom/issues/
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gapgom
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/gapgom
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/gapgom/
软件包下载报告	下载统计