GEOexplorer

DOI:10.18129 / B9.bioc.GEOexplorer

这是发展GEOexplorer版本;稳定的发布版本,请参阅GEOexplorer。

GEOexplorer: R / Bioconductor包用于基因表达分析和可视化

Bioconductor版本:发展(3.16)

GEOexplorer是一个闪亮的应用,支持探索性数据分析和基因表达差异基因表达分析微阵列基因表达数据集在地理数据库。输出是互动图表,使用户能够探索的结果分析。GEOexplorer的发展成为可能,因为提供的优秀代码GEO2R (https: / / www.ncbi.nlm.nih.gov /地理/ GEO2R /)。

作者:男人狩猎(aut (cre)黑色,拉斐尔Henkin[施,)黑色,Fabrizio Smeraldi(施)迈克尔·巴恩斯(施,黑色)

维护人员:人狩猎< guypwhunt1992 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“GEOexplorer”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GEOexplorer”)

HTML	R脚本	my-vignette
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,MicroRNAArray,微阵列,软件,mRNAMicroarray
版本	1.3.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	闪亮的,limma,Biobase,情节,shinyBS
进口	DT,htmltools,factoextra,的热图,maptools,pheatmap,尺度,shinyHeatmaply,shinybusy,ggplot2,stringr,umap,GEOquery,嫁祸于grDevices,统计数据、图形、跑龙套
链接
建议	rmarkdown,knitr,usethis,testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/guypwhunt/GEOexplorer/
BugReports	https://github.com/guypwhunt/GEOexplorer/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	GEOexplorer_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	GEOexplorer_1.3.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	GEOexplorer_1.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GEOexplorer
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GEOexplorer
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GEOexplorer/
包下载报告	下载数据