GOexpress

DOI:10.18129 / B9.bioc.GOexpress

这是发展GOexpress版本;稳定的发布版本请参见GOexpress．

使用基因本体注释可视化微阵列和RNAseq数据

生物导体版本:开发(3.14)

该包包含从微阵列或RNA-seq实验中可视化基因表达谱的方法，并提供了一种监督聚类方法来识别包含表达水平的基因的GO术语，该表达水平最好地分类两个或多个预定义的样本组。如果用户没有提供，则可以通过biomaRt软件包从Ensembl中获得表达式数据集中出现的基因注释。采用默认随机森林框架，根据感兴趣的因素评估每个基因对样本的聚类能力。最后，GO术语通过平均其各自基因集的排名(或者得分)来对样本进行聚类。可以计算p值来评估GO学期排名的显著性。可视化功能包括基因表达谱，基于基因本体的热图，以及使用基因表达数据对实验样本进行分层聚类。

作者:Kevin Rue-Albrecht, Tharvesh M.L. Ali, Paul A. McGettigan, Belinda Hernandez, David A. Magee, Nicolas C. Nalpas, Andrew Parnell, Stephen V. Gordon, David E. MacHugh

维护人:Kevin Rue-Albrecht

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("GOexpress")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GOexpress”)

PDF	R脚本	UsersGuide
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，聚类，DataRepresentation，DifferentialExpression，去，GeneExpression，GeneSetEnrichment，ImmunoOncology，微阵列，MultipleComparison，通路，RNASeq，测序，软件，TimeCourse，转录，可视化
版本	1.27.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R(>= 3.4)，网格，统计，图形，Biobase(> = 2.22.0)
进口	biomaRt(> = 2.18.0),stringr(> = 0.6.2),ggplot2(> = 0.9.0),RColorBrewer(> = 1.0),gplots(> = 2.13.0),randomForest(> = 4.6),RCurl(> = 1.95)
链接
建议	BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kevinrue/GOexpress
取决于我
进口我
建议我	InteractiveComplexHeatmap
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GOexpress_1.27.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	GOexpress_1.27.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GOexpress
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GOexpress
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GOexpress/
包下载报告	下载数据