格兰妮

doi：10.18129/b9.bioc.granie

这是发展Granie的版本；对于稳定版本，请参阅格兰妮。

Granie：重建细胞类型特定基因调节网络，包括使用染色质可访问性和RNA-Seq数据的增强子

生物导体版本：开发（3.16）

与疾病相关的遗传变异通常会影响非编码区域，因此可能具有调节作用。为了了解这些调节区域中遗传变异的影响，识别由特定调节元件（RES）调节的基因至关重要。基因调节元件（例如增强子）的作用通常是细胞类型的特异性，可能是因为调节给定增强剂的转录因子（TFS）的组合具有细胞型特异性活性。可以用现有工具（例如DIFFTF）来量化此TF活性，并捕获开放染色质区域中TF结合的差异。总体而言，这形成了具有细胞类型和数据特异性TF-RE和重新基因链接的基因调节网络（GRN）。在这里，我们使用散装RNASEQ和开放染色质（例如，使用Atacseq或Chipseq进行开放染色质标记）和TF活动数据重建了这种GRN。我们的网络包含不同类型的链接，将TF连接到调节元素，后者连接到附近或同一染色质结构域（TAD）中的基因。我们使用统计框架将经验FDR和权重分配给所有链接，都使用基于置换的方法为所有链接。

作者：Christian Arnold [CRE，AUT]，Judith Zaugg [aut]，Rim Moussa [aut]，Armando Reyes-Palomares [CTB]，Giovanni Palla [CTB]，Maksim Kholmatov [CTB]

维护者：Christian Arnold 的Chrarnold>

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ granie”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Granie”）

html	R脚本	工作流示例
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	Atacseq，，，，生物医学信息学，，，，chipseq，，，，基因表达，，，，结肠管制，，，，基因烯，，，，遗传学，，，，GraphandNetwork，，，，网络引导，，，，rnaseq，，，，回归，，，，软件，，，，转录，，，，转录组学
版本	1.1.8
在生物导体中	Bioc 3.15（R-4.2）（<6个月）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 4.2.0），平淡无奇，，，，topgo
进口	徒劳，，，，检查员，，，，拼布，，，，RESHAPE2，，，，Data.Table，，，，矩阵，，，，矩阵，，，，基因组机，，，，rcolorbrewer，，，，复杂的图像，，，，deseq2，，，，CSAW，，，，循环，，，，强大的，，，，进步，utils，方法，Stringr，，，，秤，，，，生物管理器，，，，生物比较，，，，Igraph，，，，S4VECTORS，，，，GGPLOT2，，，，rlang，，，，生物弦，，，，GenomeInfodB，，，，iranges，，，，总结性特征，，，，福卡，，，，栅格，，，，林玛，，，，purrr，，，，tidyselect，，，，readr， 网格，花花公子，，，，dplyr，统计，grdevices，图形，马格里特，，，，蒂布尔，，，，维里迪斯，，，，Biocfilecache，，，，色彩空间
链接
建议	尼特，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm9，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm9，，，，org.hs.eg.db，，，，org.mm.eg.db，，，，ihw，，，，Biomart，，，，clusterProfiler，，，，Reactomepa，，，，剂量，，，，Chipseeker，，，，测试（> = 3.0.0），生物使用
系统要求
增强
URL	https://grp-zaug.embl-community.io/granie
BugReports	https://git.embl.de/grp-zaugg/granie/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	granie_1.1.8.tar.gz
Windows二进制	granie_1.1.8.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Granie_1.1.8.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/granie
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/granie
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/granie/
软件包下载报告	下载统计