GUIDEseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.GUIDEseq

这是发展GUIDEseq的版本;稳定版请参见GUIDEseq．

GUIDE-seq和PEtag-seq分析管道

Bioconductor版本:开发(3.16)

该软件包实现了GUIDE-seq和PEtag-seq分析工作流，包括过滤低覆盖UMI和读取的功能，获得唯一的插入位点(切割位点的代理)，估计插入位点的位置，即峰值，从正负链合并估计的插入位点，并对插入位点周围的扩展区域进行脱靶搜索。

作者:朱丽华，迈克尔·劳伦斯，安基特·古普塔，Hervé Pagès，阿尔珀·库库库拉尔，曼努埃尔·加伯，斯科特·a·沃尔夫

维护者:朱丽华朱莉<朱莉。在umassmed.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("GUIDEseq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GUIDEseq”)

PDF	R脚本	GUIDEseq装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CRISPR，GeneRegulation，ImmunoOncology，测序，软件，WorkflowStep
版本	1.27.2
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(6.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.5.0)，GenomicRanges，BiocGenerics
进口	BiocParallel，Biostrings，CRISPRseek，ChIPpeakAnno，data.table，matrixStats，BSgenome平行,IRanges(> = 2.5.5),S4Vectors(> = 0.9.6),GenomicAlignments(> = 1.7.3),GenomeInfoDb，Rsamtools，哈希，limma，dplyr，GenomicFeatures
链接
建议	knitr，RUnit，BiocStyle, BSgenome.Hsapiens.UCSC。hg19 TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19。knownGene org.Hs.eg.db,testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	crisprseekplus
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	GUIDEseq_1.27.2.tar.gz
Windows二进制	GUIDEseq_1.27.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	GUIDEseq_1.27.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GUIDEseq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GUIDEseq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GUIDEseq/
软件包下载报告	下载数据