GeneAccord

DOI:10.18129 / B9.bioc.GeneAccord

这是发展GeneAccord版本;稳定发布版本请参见GeneAccord．

在一组癌症患者中检测克隆专属基因或途径对

Bioconductor版本:开发(3.16)

用于检查肿瘤中共存的克隆组合的统计框架。更准确地说，该算法发现了在同一肿瘤中发生突变但在不同克隆体中的基因对，即它们的亚克隆突变谱是相互排斥的。我们称之为克隆排他性。这意味着突变发生在肿瘤系统发育的不同分支，表明克隆的平行进化。我们的统计框架评估克隆排他性模式是否在一个队列患者中发生的几率高于预期。所需的输入数据是来自癌症患者队列的突变基因到克隆的分配，这是通过运行系统发育树推理方法获得的。重建肿瘤的进化历史和检测克隆是具有挑战性的。对于非确定性算法，重复的树推断运行可能导致略有不同的突变到克隆分配。因此，我们的算法被设计成允许每个患者输入多个基因克隆分配。它们可能是通过重复执行树推理，或从树的后验分布中取样而生成的。 The tree inference methods designate the mutations to individual clones. The mutations can then be mapped to genes or pathways. Hence our statistical framework can be applied on the gene level, or on the pathway level to detect clonally exclusive pairs of pathways. If a pair is significantly clonally exclusive, it points towards the fact that this specific clone configuration confers a selective advantage, possibly through synergies between the clones with these mutations.

作者:Ariane L. Moore, Jack Kuipers和Niko Beerenwinkel

维护者:Ariane L. Moore < Ariane。摩尔在bsse.ethz.ch >

安装

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如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("GeneAccord")

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文档

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browseVignettes(“GeneAccord”)

超文本标记语言	R脚本	GeneAccord
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，FeatureExtraction，FunctionalGenomics，GeneticVariability，遗传学，GenomicVariation，MathematicalBiology，通路，PatternLogic，软件，SomaticMutation，SystemsBiology
版本	1.15.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (R-3.5)(3.5年)
许可证	文件许可证
取决于	R (> = 3.5)
进口	biomaRt，caTools，dplyr，ggplot2、图形、grDevicesgtools，ggpubr，magrittr，maxLik，RColorBrewer，reshape2统计数据,宠物猫,跑龙套
链接
建议	为了，BiocStyle，devtools，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/cbg-ethz/GeneAccord
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GeneAccord_1.15.0.tar.gz
Windows二进制	GeneAccord_1.15.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	GeneAccord_1.15.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeneAccord
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GeneAccord
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GeneAccord/
包下载报告	下载数据