GenomeInfodB

doi:10.18129/b9.bioc.genomeinfodb

这是发展GenomeInfodB的版本;对于稳定版本,请参阅GenomeInfodB

操纵染色体名称的实用程序,包括修改它们以遵循特定的命名样式

生物导体版本:开发(3.14)

包含定义并允许在不同染色体序列命名约定(例如“ Chr1” Vers“ 1”)之间进行翻译的数据和函数,其中包括试图将序列名称放置在其自然而不是词典学顺序中的函数。

作者:Sonali Arora,Martin Morgan,Marc Carlson,H。Pagès

维护者:bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>

引用(从r内,输入引用(“ GenomeInfodB”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.1”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)#以下初始化了Bioc Devel Biocmanager :: Install(version = decon ='devel')biocmanager :: install(“ GenomeInfodb”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ GenomeInfodB”)

PDF R脚本 GenomeInfodB:GenomeInfodB简介
PDF R脚本 GenomeInfodB:将您的生物提交给GenomeInfodB
PDF 参考手册
文本 消息
视频 简单的任务基因组知行

细节

生物浏览 注解,,,,datarepresentation,,,,遗传学,,,,基因数,,,,软件
版本 1.29.0
在生物导体中 Bioc 2.14(R-3.1)(7年)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 4.0.0),方法,生物基因(> = 0.37.0),S4VECTORS(> = 0.25.12),iranges(> = 2.13.12)
进口 Stats,Stats4,Utils,rcurl,GenomeInfodBdata
链接
建议 基因组机,,,,rsamtools,,,,基因组签名,,,,GenomicFeatures,txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene,BSGENOME,bsgenome.scerevisiae.ucsc.saccer2,bsgenome.celegans.ucsc.ce2,bsgenome.hsapiens.ncbi.grch38,运行,,,,生物使用,,,,尼特
系统要求
增强
URL //www.andersvercelli.com/packages/genomeinfodb
BugReports https://github.com/bioconductor/genomeinfodb/issues
取决于我 生物弦,,,,Brgenomics,,,,BSGENOME,,,,Bumphunter,,,,芯片,,,,法典,,,,CSAR,,,,基因组签名,,,,GenomicFeatures,,,,基因组机,,,,基因组菌,,,,GMAPR,,,,grohmm,,,,Helloranges,,,,IDEOVIZ,,,,rsamtools,,,,范围,,,,变体
进口我 等位基因平衡,,,,高山,,,,扩增器,,,,Aneufinder,,,,AnnotationHubdata,,,,Annotatr,,,,Aspediafi,,,,atacseqqc,,,,Baalchip,,,,舞会礼服,,,,小班夫,,,,BasicStarrseq,,,,Biovizbase,,,,饼干,,,,Biseq,,,,BNBC,,,,分支机构,,,,Breakpointr,,,,BSGENOME,,,,BSSEQ,,,,Busparse,,,,Cagefightr,,,,卡格,,,,卡斯珀,,,,cbioportaldata,,,,Chimeraviz,,,,chipanalyser,,,,Chipenrich,,,,chipenrich.data,,,,chipexoqual,,,,Chippeakanno,,,,Chipseeker,,,,Chromstar,,,,Chromvar,,,,Cindex,,,,Circrnaprofiler,,,,清理,,,,CN. -ops,,,,CNER,,,,cnvfilter,,,,cnvpanelizer,,,,cnvranger,,,,Compepitools,,,,共识,,,,Conumee,,,,库务,,,,copywriter,,,,crisprvariants,,,,CSAW,,,,CustomProdb,,,,damefinder,,,,达斯珀,,,,Demptumor2sig,,,,深布鲁尔,,,,德芬德,,,,derfinderplot,,,,DESCAN2,,,,Dewseq,,,,Diffhic,,,,diffloop,,,,diffutr,,,,dmrcate,,,,DMRSCAN,,,,DMRSEQ,,,,多米诺骨牌效应,,,,EasyRnaseq,,,,埃尔默,,,,EncodeXplorer,,,,富集,,,,Ensembldb,,,,ememblvep,,,,Epialleler,,,,Epgenomix,,,,Epigrahmm,,,,epitxdb,,,,epivizr,,,,epivizrdata,,,,EPIVIZRSTANTALLONE,,,,Erma,,,,esatac,,,,EventPointer,,,,外观复制,,,,Exomepeak2,,,,弗雷泽,,,,Funchip,,,,Funtoonorm,,,,ga4ghclient,,,,ga4ghshiny,,,,GCAPC,,,,GenBankr,,,,基因贡献,,,,Genogam,,,,基因组化,,,,基因组合,,,,基因组分布,,,,GenomicDistributionsData,,,,Genomicfiles,,,,基因组间,,,,Genomicozone,,,,GenomicsCores,,,,Genotypeeval,,,,Genvisr,,,,GGBIO,,,,Gmoviz,,,,哥特,,,,Greylistchip,,,,Guideseq,,,,GVIZ,,,,Gwascat,,,,H5VC,,,,热图,,,,打ic,,,,hicdcplus,,,,HITC,,,,htseqgenie,,,,IDR2D,,,,IMAS,,,,inpas,,,,检查,,,,互动集,,,,同工型间分析仪,,,,IVAS,,,,核粒子,,,,ldblock,,,,Macpet,,,,Madseq,,,,马瑟,,,,metagene,,,,metagene2,,,,metaseqr2,,,,metavizr,,,,Methcp,,,,甲基,,,,甲基赫里西氏菌,,,,甲基库,,,,甲基管,,,,甲基Seqdata,,,,甲基化,,,,甲基菌,,,,Minfi,,,,最小值,,,,mmappr2,,,,马赛克,,,,Motifbreakr,,,,MotifMatchr,,,,MouseFM,,,,MSGBSR,,,,Multicrispr,,,,多希克科姆,,,,Musicatk,,,,突变模式,,,,myvariant,,,,NADFINDER,,,,附近,,,,netdx,,,,NORMR,,,,,,,,OMICSPCA,,,,ORFIK,,,,有机体,,,,panelcn.mops,,,,周期性,,,,pi,,,,管框,,,,plyranges,,,,podkat,,,,婴儿车,,,,Prebs,,,,proactiv,,,,profileplyr,,,,蛋白质组学杂志,,,,属属,,,,qpgraph,,,,QSEA,,,,,,,,R3CPET,,,,R3CSEQ,,,,破烂的经历,,,,Rarevariantvis,,,,rcade,,,,RCAS,,,,RCGH,,,,rcistarget,,,,叙事,,,,补偿,,,,区域人,,,,地区报告,,,,REMP,,,,repitools,,,,肋骨蛋白,,,,riboseqr,,,,RibosomeProfilingQC,,,,RJMCMCN核小体,,,,rnaeditr,,,,rnamodr,,,,怒吼,,,,rtcgatoolbox,,,,rtracklayer,,,,Scmeth,,,,颈背,,,,片段,,,,Seqarray,,,,seqcat,,,,seqsetvis,,,,塞文,,,,sgseq,,,,Shortread,,,,签名者,,,,sigspack,,,,Singlemoleculefootprinting,,,,Sitadela,,,,Snphood,,,,soggi,,,,躯体签名,,,,稀疏,,,,尖刺,,,,剪接图,,,,碎片,,,,Srnadiff,,,,斯坦,,,,Strandcheckr,,,,总结性特征,,,,TAPSEQ,,,,tarseqqc,,,,tcgautils,,,,tcgaworkflow,,,,TFBSTOOLS,,,,Titancna,,,,TNT,,,,TrackViewer,,,,transcriptr,,,,Trnascanimport,,,,tsrchitect,,,,TVTB,,,,tximeta,,,,Ularcirc,,,,umi4cats,,,,香草,,,,变体滤波器,,,,变体工具,,,,vasp,,,,vplotr,,,,WigglePlotr,,,,yapsa
建议我 注释,,,,AnnotationHub,,,,Bioconcotk,,,,Chromswitch,,,,实验室,,,,Megadepth,,,,Methrix,,,,mungesumstats,,,,parglms,,,,QDNASEQ,,,,飞溅,,,,结构视频隔离,,,,tfutils
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 GenomeInfodB_1.29.0.tar.gz
Windows二进制 GenomeInfodB_1.29.0.zip(32-和64位)
MacOS 10.13(高山脉) GenomeInfodB_1.29.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genomeinfodb
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/genomeInfodB
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/genomeinfodb/
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