基因组分布

doi：10.18129/b9.bioc.genomicdistributions

这是发展基因组分布的版本；对于稳定版本，请参阅基因组分布。

基因组分布：用生物导体快速分析基因组间隔

生物导体版本：开发（3.14）

如果您有一组基因组范围，则此软件包可以帮助您进行可视化和比较。它产生了几种图，例如：染色体分布图，可视化区域在染色体上的分布方式；特征距离分布图，可视化您的区域相对于感兴趣的特征的分布方式，例如转录起始站点（TSSS）；基因组分区图，可视化您的区域如何重叠给定基因组特征，例如启动子，内含子，外显子或基因间区域。它还使将一组范围与另一组范围进行比较变得容易。

作者：Kristyna Kupkova [Aut，Cre]，Jose Verdezoto [Aut]，Tessa Danehy [CTB]，John Lawson [CTB]，Jose Verdezoto [CTB]，Michal Stolarczyk [CTB][自动]

维护者：kristyna kupkova

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）＃以下初始化了Bioc Devel Biocmanager :: Install（version = devel ='devel'）biocmanager :: Install（“ GenoMicDistribitess”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“基因组分配”）

html		1.基因组分布中的自定义参考数据
html	R脚本	1.开始基因组分布
html		2.全功率基因组分布
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	覆盖范围，，，，datarepresentation，，，，功能基因组学，，，，基因数，，，，基因组组件，，，，测序，，，，软件，，，，可视化
版本	1.1.1
在生物导体中	Bioc 3.13（R-4.1）（<6个月）
执照	bsd_2_clause +文件执照
要看	r（> = 4.0），iranges，，，，基因组机
进口	Data.Table，，，，GGPLOT2，，，，RESHAPE2，方法，utils，生物弦，，，，plyr，，，，dplyr，，，，GenomeInfodB
链接
建议	AnnotationFilter，，，，rtracklayer，，，，测试，，，，尼特，，，，生物使用，，，，rmarkDown
系统要求
增强	BSGENOME，，，，超方，，，，Ensembldb，，，，GenomicFeatures
URL	http://code.databio.org/genomicdistributions
BugReports	http://github.com/databio/genomicdistributions
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	GenomicDistributions_1.1.1.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）	GenomicDistributions_1.1.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genomicdistributions
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/基因组分布
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/genomicdistributions/
软件包下载报告	下载统计