GenomicInteractionNodes

doi：10.18129/b9.bioc.genomicInteractionNodes

这是发展GenomicInteractionNodes的版本；对于稳定版本，请参阅GenomicInteractionNodes。

R/Bioconductor套件可检测HIC/HICHIP/HICAR数据的相互作用节点

生物导体版本：开发（3.16）

GenomicInteractionNodes软件包可以从Bedpe文件中导入相互作用，并定义具有多个相互作用循环的基因组相互作用位点的相互作用节点。相互作用节点是一个结合平台调节一个或多个基因。检测到的相互作用节点将被注释以进行下游验证。

作者：Jianhong OU [AUT，CRE]，Yarui Diao [FND]

维护者：jianhong ou

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化了Bioc Devel Biocmanager :: install（version = destry ='devel'）biocmanager :: install（“ genomicInteractionnodes”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“基因组互动”）

html	R脚本	GenomicInteractionNodes小插图
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	嗝，，，，测序，，，，软件
版本	1.1.0
在生物导体中	Bioc 3.15（R-4.2）（<6个月）
执照	文件执照
要看	r（> = 4.2.0），统计
进口	AnnotationDbi，，，，图形，，，，go.db，，，，基因组机，，，，GenomicFeatures，，，，GenomeInfodB， 方法，iranges，，，，rbgl，，，，S4VECTORS
链接
建议	运行，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，rtracklayer，，，，测试，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，org.hs.eg.db
系统要求
增强
URL	https://github.com/jianhong/genomicInteractionNodes
BugReports	https://github.com/jianhong/genomicinteractionnodes/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	genomicInteractionNodes_1.1.0.tar.gz
Windows二进制	genomicInteractionNodes_1.1.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	GenomicInteractionNodes_1.1.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genomicInteractionNodes
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/genomicInteractionNodes
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/genomicinteractionnodes/
软件包下载报告	下载统计