Genomicozone

doi：10.18129/b9.bioc.genomicozone

这是发展Genomicozone的版本；对于稳定版本，请参阅Genomicozone。

描述差异基因活性的杰出基因组区

生物导体版本：开发（3.16）

该包装将沿染色体的基因活性簇成区域，检测到差异区域为杰出区域，并可视化整个基因组中杰出区域的地图。它可以表征自适应基因组社区内多个基因的影响，这可能是由基因组重组，结构变异或表观基因组改变引起的。它可以保证群集最优性，线性运行时到样本量和可重复性。可以将其应用于全基因组活性测量值，例如拷贝数，转录组，蛋白质组学和甲基化数据。

作者：惠祖（Mingzhou）歌曲

维护者：hua zhong

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

如果（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ Genomicozone”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Genomicozone”）

html	R脚本	Genomicozone
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，生物医学信息学，，，，细胞生物学，，，，聚类，，，，库务，，，，覆盖范围，，，，差异性，，，，差甲基化，，，，功能基因组学，，，，功能性预测，，，，基因表达，，，，结肠管制，，，，遗传学，，，，基因组变量，，，，rnaseq，，，，回归，，，，测序，，，，软件，，，，结构变化，，，，系统生物学，，，，转录，，，，转录组学，，，，可视化
版本	1.11.0
在生物导体中	Bioc 3.10（R-3.6）（2。5年）
执照	LGPL（> = 3）
要看	r（> = 4.0.0），ckmeans.1d.dp（> = 4.3.0），基因组机，，，，Biomart，，，，GGPLOT2
进口	grdevices，统计，utils，plyr，，，，栅格，，，，LSR， 平行，GGBIO，，，，S4VECTORS，，，，iranges，，，，GenomeInfodB，，，，rdpack
链接
建议	readxl，，，，地球，，，，尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Genomicozone_1.11.0.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）	Genomicozone_1.11.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genomicozone
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/genomicozone
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/genomicozone/
软件包下载报告	下载统计