Geomxtools

doi：10.18129/b9.bioc.geomxtools

这是发展Geomxtools的版本；对于稳定版本，请参阅Geomxtools。

纳米弦Geomx工具

生物导体版本：开发（3.16）

纳米弦技术的工具GEOMX技术。软件包提供了基于表达式派生对象中DCC和PKC文件中读取的功能。还包括归一化和QC功能。

作者：Nicole Ortogero [CRE，AUT]，Zhi Yang [aut]，Ronalyn Vitancol [aut]，Maddy Griswold [aut]，David Henderson [aut]

维护者：nanostring.com>

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ geomxtools”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Geomxtools”）

html	R脚本	胁迫地焦点到seurat和时空感染物体
html	R脚本	开发人员纳米蛋白geoxset的简介
html	R脚本	使用Geomxtools的蛋白质数据
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	蜂窝基，，，，DataImport，，，，实验设计，，，，基因表达，，，，正常化，，，，专有Platratforms，，，，蛋白质组学，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，空间，，，，转录，，，，转录组学，，，，Mrnamicroarray
版本	3.1.1
在生物导体中	Bioc 3.13（R-4.1）（1年）
执照	麻省理工学院
要看	r（> = 3.6），生物酶，，，，纳米林区，，，，S4VECTORS
进口	生物基因，，，，rjson，，，，readxl，，，，环境，，，，RESHAPE2，方法，utils，stats，Data.Table，，，，lmertest，，，，dplyr，，，，Stringr，grdevices，图形，ggally，，，，rlang，，，，GGPLOT2，，，，seuratObject
链接
建议	rmarkDown，，，，尼特，，，，测试（> = 3.0.0），并行，Ggiraph，，，，Seurat，，，，Spatiaxlexperiment（> = 1.4.0），spatialdecon，，，，拼布
系统要求
增强
URL
取决于我	GEOMXWORKFLOWS
进口我	地球夫，，，，spatialdecon
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	geomxtools_3.1.1.tar.gz
Windows二进制	geomxtools_3.1.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）	geomxtools_3.1.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/geomxtools
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/geomxtools
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/geomxtools/
软件包下载报告	下载统计