希巴格

doi：10.18129/b9.bioc

这是发展Hibag的版本；对于稳定版本，请参阅希巴格。

HLA基因型插入属性装袋

生物导体版本：开发（3.16）

使用GWAS SNP数据启用HLA经典等位基因，它依赖于HLA和SNP基因型的训练集。HIBAG可以由具有公开参数估计的研究人员使用，而不需要访问大型培训样本数据集。它结合了属性包装的概念，一种合奏分类器方法，以及SNP和HLA类型的单倍型推断。属性包装是一种技术，可通过Bootstrap聚合和随机变量选择提高分类器集合的准确性和稳定性。

作者：Xiuwen Zheng [AUT，CRE，CPH]，布鲁斯·威尔[CTB，THS]

维护者：Xiuwen Zheng

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ hibag”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ hibag”）

html	R脚本	HIBAG算法实现
html	R脚本	Hibag Vignette HTML
html	R脚本	HLA协会小插图HTML
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	遗传学，，，，软件，，，，统计信息
版本	1.33.0
在生物导体中	Bioc 3.1（R-3.2）（7年）
执照	GPL-3
依靠	r（> = 3.2.0）
进口	方法，rcppparallel
链接	rcppparallel（> = 5.0.0）
建议	平行线，GGPLOT2，，，，RESHAPE2，，，，GDSFMT，，，，Snprelate，，，，Seqarray，，，，尼特，，，，降价，，，，rmarkDown
系统要求	C ++ 11，GNU制作
增强
URL	http://github.com/zhengxwen/hibaghttps://hibag.s3.amazonaws.com/index.html
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	hibag_1.33.0.tar.gz
Windows二进制	hibag_1.33.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	hibag_1.33.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hibag
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/hibag
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/hibag/
软件包下载报告	下载统计