hicdcplus

doi：10.18129/b9.bioc.hicdcplus

这是发展hicdcplus的版本；对于稳定版本，请参阅hicdcplus。

HI-C Direct Caller Plus

生物导体版本：开发（3.16）

HI-C和HICHIP的系统3D相互作用调用和差分分析。HIC-DC+（HI-C/HICHIP直接呼叫者Plus）软件包实现了HI-C和HICHIP数据集的原则统计分析 - 包括在单个实验中调用重大相互作用，并在给定的复制实验之间进行差异分析 - 以促进全球整合性学习。HIC-DC+估计了HI-C或HICHIP实验中的显着相互作用，直接从原始接触矩阵中的每个染色体到指定的基因组距离，通过均匀的基因组间隔或限制酶片段进行了验证，通过训练背景模型来考虑随机聚合物的随机聚合物连接和系统的读数变化源。

作者：Merve Sahin [CRE，AUT]

维护者：gmail.com>> merve sahin

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ hicdcplus”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ hicdcplus”）

html	R脚本	用HICDCPLUS分析HI-C和HICHIP数据
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DNA3STRUCTURE，，，，嗝，，，，正常化，，，，软件
版本	1.5.0
在生物导体中	Bioc 3.13（R-4.1）（1年）
执照	GPL-3
要看
进口	RCPP，，，，互动集，，，，基因组间，，，，BBMLE，，，，PSCL，，，，BSGENOME，，，，Data.Table，，，，dplyr，，，，花花公子，，，，GenomeInfodB，，，，rlang，花键，大量的，，，，基因组机，，，，iranges，，，，蒂布尔，，，，r.utils，，，，生物弦，，，，rtracklayer， 方法，S4VECTORS
链接	RCPP
建议	BSGENOME.MMUSCULUS.UCSC.MM9，BSGENOME.MMUSCULUS.UCSC.MM10，BSGENOME.HSAPIENS.UCSC.HG19，BSGENOME.HSAPIOME.HSAPIENS.UCSC.HG38，运行，，，，生物基因，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，HITC，，，，deseq2，，，，矩阵，，，，Biocfilecache，，，，Rappdirs
系统要求	JRE 8+
增强	平行
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	hicdcplus_1.5.0.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hicdcplus
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/hicdcplus
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/hicdcplus/
软件包下载报告	下载统计