ISAnalytics

DOI:10.18129 / B9.bioc.ISAnalytics

这是发展版本的ISAnalytics;稳定发布版本请参见ISAnalytics。

分析从基因组学下一代测序reads中鉴定的基因治疗载体插入位点数据，用于克隆跟踪研究

Bioconductor版本:开发(3.16)

在基因治疗中，利用病毒载体对干细胞进行修饰，以传递治疗性转基因并取代功能特性，因为基因修饰是稳定的，并在所有细胞后代中遗传。病毒-宿主DNA连接两侧序列的检索和定位使得插入位点(IS)的识别成为可能，这对于监测体内基因修饰细胞的进化至关重要。需要一个全面的IS分析工具包来促进克隆跟踪研究，并支持安全性和体内长期疗效的评估。该软件包旨在(1)支持is工作流程的自动化，(2)为is跟踪进行基础和高级分析(克隆丰度，克隆扩增和插入突变统计等)，(3)提供体内转导干细胞的基本生物学见解。

作者:Andrea Calabria [aut, cre]， Giulio Spinozzi [aut]， Giulia Pais [aut]

维护者:安德烈·卡拉布里亚<卡拉布里亚。安德里亚在hsr. b>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #下面初始化BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ISAnalytics")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“ISAnalytics”)

超文本标记语言	R脚本	ISAnalytics
超文本标记语言	R脚本	sharing_analyses
超文本标记语言	R脚本	workflow_start
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文本		新闻

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，测序，SingleCell，软件
版本	1.7.2
在Bioconductor中	BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年)
许可证	Cc 4.0
取决于	R (>= 4.2)，magrittr
进口	跑龙套,dplyr，readr，tidyr，purrr，rlang，宠物猫，BiocParallel，stringr，fs，lubridate，生命周期，ggplot2，ggrepel统计数据,心理，data.table，readxl、工具、RcapturegrDevices,forcats，胶水，闪亮的，shinyWidgets，datamods，bslib
链接
建议	testthat，covr，knitr，BiocStyle，sessioninfo，rmarkdown，roxygen2，素食主义者，withr，extraDistr，ggalluvial，尺度，gridExtra，R.utils，RefManageR，flexdashboard，DT，circlize，情节，gtools，eulerr，openxlsx，jsonlite
SystemRequirements
增强了
URL	https://calabrialab.github.io/ISAnalyticshttps://github.com//calabrialab/isanalytics
BugReports	https://github.com/calabrialab/ISAnalytics/issues
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包档案

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源包	ISAnalytics_1.7.2.tar.gz
Windows二进制	ISAnalytics_1.7.2.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	ISAnalytics_1.7.2.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/ISAnalytics
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/ISAnalytics
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ISAnalytics/
软件包下载报告	下载数据