异种态

doi：10.18129/b9.bioc.isogenegui

这是发展Isogenegui的版本；对于稳定版本，请参阅异种态。

用于进行微阵列数据的剂量反应分析的图形用户界面

生物导体版本：开发（3.16）

异沿图形用户界面（等词GUI）是异沿软件包的用户友好界面，旨在鉴定表达水平的基因相对于增加的剂量。此外，原始软件包的GUI扩展包含各种工具来执行剂量反应配置文件的聚类。测试是通过几个测试统计数据来解决的：Bartholomew 1961，Barlow等。1972年和罗伯逊等。1988年），威廉姆斯（1971，1972），马库斯（1976），M（Hu等人2005）和修改后的M（Lin等人2007）。使用确切的分布和排列获得了全局似然比检验（E2）的P值。其他四个测试统计数据是使用排列获得的。提供了几项P值调整：Bonferroni，Holm（1979），Hochberg（1988）和Sidak控制I型错误率（FWER）和BH（Benjamini和Hochberg 1995）和（Benjamini和（Benjamini和Benjamini）Yekutieli 2001）用于控制FDR的程序。该推论是基于控制置换率（Ge等，2003）和微阵列的显着性分析（Sam，Tusher等，2001）的重新采样方法，该方法控制了错误的发现率（FDR）。 Clustering methods are outsourced from CRAN packages ORCME, ORIClust. The package ORCME is based on delta-clustering method (Cheng and Church, 2000) and ORIClust on Order Restricted Information Criterion (Liu et al., 2009), both perform same task but from different perspective and their outputs are clusters of genes. Additionally, profile selection for given gene based on Generalized ORIC (Kuiper et al., 2014) from package goric and permutation test for E2 based on package orQA are included in IsoGene-GUI. None of these four packages has GUI.

作者：Setia Pramana，Dan Lin，Philippe Haldermans，Tobias Verbeke，Martin Otava

维护者：setia pramana

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ isogenegui”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

PDF		参考手册

细节

生物浏览	差异性，，，，GUI，，，，微阵列，，，，软件
版本	2.33.0
在生物导体中	Bioc 2.7（R-2.12）（11。5年）
执照	GPL-2
要看	TCLTK，xlsx
进口	RCPP，，，，TKRPLOT，，，，多检验，，，，复品，，，，Geneplotter，，，，rcolorbrewer，，，，ISO，，，，异沿，，，，orcme，，，，oriclust，orqa，戈里克，，，，ff，，，，生物酶，，，，jpeg
链接
建议	运行
系统要求
增强
URL	http://ibiostat.be/online-resources/online-resources/isogenegui/isogenegui-package
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进口我
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构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/isogenegui
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/isogenegui
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/isogenegui/
软件包下载报告	下载统计