花边

DOI:10.18129 / B9.bioc.LACE

这是发展版本的花边;稳定的发布版本,请参阅花边。

纵向分析癌症的演化(花边)

Bioconductor版本:发展(3.16)

花边是一个算法框架,流程单细胞体细胞突变概要文件从癌症样本收集在不同的时间点,在不同的实验设置,产生纵向癌症演化的模型。系统的方法解决了布尔矩阵分解问题约束,通过最大化似然函数计算在多个时间点。

作者:丹尼尔Ramazzotti (aut),Fabrizio Angaroni (aut),大卫Maspero (cre, aut),亚历克斯Graudenzi (aut),卢卡·德·佐(aut)蒋禄卡,Ascolani (aut)

维护人员:大卫。Maspero < d。在campus.unimib.it maspero >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“花边”)

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文档

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browseVignettes(“花边”)

PDF	R脚本	花边
PDF	R脚本	花边2.0
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BiomedicalInformatics,SingleCell,软件,SomaticMutation
版本	魅惑
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2年)
许可证	文件许可证
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	旋度,igraph,foreach,doParallel,可分类的,dplyr,data.tree、图形、grDevices平行,RColorBrewer,Rfast统计数据,SummarizedExperiment跑龙套,purrr,stringi,stringr,矩阵,tidyr,jsonlite,readr,configr,DT、工具、fs,data.table,htmltools,htmlwidgets,bsplus,闪亮的,shinythemes,shinyFiles,shinyjs,shinyBS,shinydashboard,biomaRt,callr
链接
建议	BiocGenerics,BiocStyle,testthat,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BIMIB-DISCo/LACE
BugReports	https://github.com/BIMIB-DISCo/LACE
取决于我
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	LACE_2.1.0.tar.gz
Windows二进制	LACE_2.1.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	LACE_2.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/LACE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/花边
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/LACE/
包下载报告	下载数据