洛布斯塔斯

doi：10.18129/b9.bioc.lobstahs

这是发展Lobstahs的版本；对于稳定版本，请参阅洛布斯塔斯。

脂质和黄脂素生物标志物通过加合层次结构筛选

生物导体版本：开发（3.16）

Lobstahs是一个多功能软件包，用于筛选，注释和假定的大型HPLC-MS脂质数据集中的质谱特征。在多种脂质的硅数据中，可以通过数据库生成函数从用户提供的结构标准中生成氧化的脂质和氧基蛋白。然后，Lobstahs应用这些数据库将推定的复合身份分配给使用XCMS和相机处理的任何高质量精度数据集中的功能。然后，用户可以基于收益离子形成模式，色谱保留时间和其他属性应用一系列正交筛选标准，以评估和分配置信度得分，并将其分配到此初步分配列表中。在筛选程序中，Lobstahs拒绝不符合指定条件的作业，确定潜在的异构体和异构体，并分配各种注释代码，以帮助用户评估每个分配的准确性。

作者：James Collins [Aut，Cre]，Helen Fredricks [AUT]，Bethanie Edwards [Aut]，Henry Holm [Aut]，Benjamin Van Mooy [Aut]，Daniel Lowenstein [aut]

维护者：亨利·霍尔姆（Henry Holm），丹尼尔·洛恩斯坦（Daniel Lowenstein），詹姆斯·柯林斯（James Collins），james.r.collins at aya.yale.edu>

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ lobstahs”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Lobstahs”）

html	R脚本	使用洛布斯塔（Lobstahs
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	DataImport，，，，免疫学，，，，脂质组学，，，，质谱，，，，代谢组学，，，，软件
版本	1.23.0
在生物导体中	Bioc 3.4（R-3.3）（6年）
执照	GPL（> = 3） +文件执照
要看	r（> = 3.4），XCMS，，，，相机， 方法
进口	UTILS
链接
建议	pth2O2lipids，，，，尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL	//www.andersvercelli.com/packages/lobstahs
BugReports	https://github.com/vanmooylipidomics/lobstahs/issues/new
取决于我	pth2O2lipids
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	lobstahs_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	lobstahs_1.23.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	lobstahs_1.23.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lobstahs
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/lobstahs
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/lobstahs/
软件包下载报告	下载统计