lrcell

doi：10.18129/b9.bioc.lrcell

这是发展LRCELL的版本；对于稳定版本，请参阅lrcell。

使用逻辑/线性回归的差分单元类型变化分析

生物导体版本：开发（3.16）

LRCELL的目的是识别特定的子细胞类型，以驱动在散装RNA-Seq差异基因表达实验中观察到的变化。为此，LRCELL利用了从单细胞RNA-Sequencing（SCRNA-Seq）获得的细胞标记基因集作为感兴趣组织中各种细胞类型的指标。接下来，对于每种细胞类型，使用其标记基因作为指标，我们将逻辑回归应用于具有差异表达p值的完整基因集，以计算细胞类型的显着性p值。最后，将这些p值进行比较，以预测哪个（s）可能是在散装RNA-SEQ实验中观察到的差异基因表达模式的原因。LRCELL的灵感来自Sartor等人开发的LRPath [@Sartor2009LRPath]算法，该算法最初是为途径/基因集富集分析而设计的。LRCELL包含三个主要组成部分：LRCELL分析，情节产生和标记基因选择。该软件包中的所有模块均写在R中。此软件包还提供了前额叶皮层（PFC）人脑区域，人PBMC和九个小鼠脑区域（额叶皮层，小脑，Globus pallidus，pallidus，Hampocampus，intopeduncuncular，intopeDuncular，posterior corterex，posterior Cortex，formus corterex offt fortrund of。纹状体，黑质和丘脑）。

作者：Wenjing MA [CRE，AUT]

维护者：wenjing ma

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ lrcell”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ lrcell”）

html	R脚本	lrcell vignette
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	差异性，，，，基因表达，，，，基因烯，，，，回归，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件
版本	1.5.0
在生物导体中	Bioc 3.13（R-4.1）（1年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	r（> = 4.1），实验室，，，，AnnotationHub
进口	生物比较，，，，dplyr，，，，GGPLOT2，，，，Ggrepel，，，，马格里特，统计，utils
链接
建议	lrcelltypemarkers，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，roxygen2，，，，测试
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/marvinquiet/lrcell/issues
取决于我
进口我
建议我	lrcelltypemarkers
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	lrcell_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	lrcell_1.5.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	lrcell_1.5.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lrcell
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/lrcell
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/lrcell/
软件包下载报告	下载统计