LowMACA

DOI:10.18129 / B9.bioc.LowMACA

这是发展LowMACA版本;稳定发布版本请参见LowMACA．

LowMACA -基于共识对齐的低频突变分析

Bioconductor版本:开发(3.16)

LowMACA包是一套简单的工具，通过共识对齐来调查和分析几种蛋白质或pfam结构域的突变概况。您可以使用我们的软件包进行假设驱动的探索性分析，只需提供一组您感兴趣的基因或pfam域。

作者:Stefano de Pretis, Giorgio Melloni

维护人员:Stefano de Pretis ， Giorgio Melloni < Melloni。乔治在gmail.com >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("LowMACA")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	对齐，DataImport，MultipleSequenceAlignment，SequenceMatching，测序，软件，SomaticMutation，WholeGenome
版本	1.27.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (R-3.2)(7年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 2.10)
进口	cgdsr,平行,stringr，reshape2，data.table，RColorBrewer、方法、LowMACAAnnotation，BiocParallel，motifStack，Biostrings，httr、网格gridBase
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements	clustalo、gs、perl
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/LowMACA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ LowMACA
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/LowMACA/
包下载报告	下载数据