MADSEQ

DOI:10.18129 / B9.bioc.MADSEQ

这是发展MADSEQ版本;稳定版请参见MADSEQ．

基于海量并行测序数据的镶嵌非整倍体检测与定量

Bioconductor版本:开发(3.16)

MADSEQ包提供了一组层次Bayeisan模型，用于马赛克非整倍体的检测，非整倍体类型的推断，也用于样本中非整倍体细胞比例的量化。

作者:孔宇，亚当·奥顿，约翰·默里·格雷利

维护者:玉孔<玉。Kong在phd.einstein。yu.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("MADSEQ")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MADSEQ”)

超文本标记语言	R脚本	R包MADSEQ
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，CopyNumberVariation，报道，GenomicVariation，测序，软件，SomaticMutation，VariantDetection
版本	1.23.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(5.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 3.5.0)，rjags(> = 4.6)
进口	VGAM，coda，BSgenomeBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,S4Vectors、方法、preprocessCore，GenomicAlignments，Rsamtools，Biostrings，GenomicRanges，IRanges，VariantAnnotation，SummarizedExperiment，GenomeInfoDb，rtracklayer，图形，统计，grDevices, utils，zlibbioc，vcfR
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ykong2/MADSEQ
BugReports	https://github.com/ykong2/MADSEQ/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	MADSEQ_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	MADSEQ_1.23.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MADSEQ
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MADSEQ
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MADSEQ/
软件包下载报告	下载数据