MAGAR

DOI:10.18129 / B9.bioc.MAGAR

这是发展MAGAR的版本;稳定的发布版本,请参阅MAGAR。

MAGAR: R-package计算甲基化(methQTL)从数量性状DNA甲基化和基因分型数据

Bioconductor版本:发展(3.16)

“Methylation-Aware R基因型协会”(MAGAR)计算methQTL从DNA甲基化和基因分型数据匹配样本。MAGAR使用线性建模策略叫论文认定/ methQTLs snp。MAGAR占论文认定的本地相关结构。

作者:迈克尔·谢勒(cre, aut)

维护人员:迈克尔·谢勒< mscherer在mpi-inf.mpg.de >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“MAGAR”)

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browseVignettes (“MAGAR”)

HTML	R脚本	MAGAR: Methylation-Aware基因型协会R
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细节

biocViews	BatchEffect,聚类,CopyNumberVariation,CpGIsland,DNAMethylation,DataImport,DifferentialMethylation,表观遗传学,GeneticVariability,GraphAndNetwork,ImmunoOncology,MethylSeq,MethylationArray,微阵列,网络,预处理,质量控制,回归,单核苷酸多态性,测序,软件,TwoChannel,mRNAMicroarray
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1),HDF5Array,RnBeads,snpStats,crlmm
进口	doParallel,igraph,bigstatsr,rjson,plyr,data.table,UpSetR,reshape2,jsonlite、方法、ff,argparse,嫁祸于,RnBeads.hg19跑龙套,统计数据
链接
建议	gridExtra,维恩图,qqman,萝拉,RUnit,rmutil,rmarkdownJASPAR2018,TFBSTools,seqLogo,knitr,devtools,BiocGenerics,BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/MPIIComputationalEpigenetics/MAGAR
BugReports	https://github.com/MPIIComputationalEpigenetics/MAGAR/issues
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	MAGAR_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	MAGAR_1.5.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	MAGAR_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MAGAR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MAGAR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MAGAR/
包下载报告	下载数据