Mageckflute

doi：10.18129/b9.bioc.mageckflute

这是发展Mageckflute的版本；对于稳定版本，请参阅Mageckflute。

合并CRISPR功能遗传筛选的综合分析管道

生物导体版本：开发（3.16）

CRISPR（群集定期间隔短的腔液重复序列）与核酸酶CAS9（CRISPR/CAS9）屏幕相结合，代表了一种有前途的技术，可以系统地评估基因功能。CRISPR/CAS9屏幕的数据分析是一个关键过程，其中包括识别屏幕击中并在下游分析中探索这些命中的生物学功能。我们以前已经开发了两种算法Mageck和Mageck-Vispr，以分析各种情况下的CRISPR/CAS9屏幕数据。这两种算法允许用户执行质量控制，读取计数生成和归一化，并计算β分数以评估基因选择性能。在下游分析中，需要生物学功能分析才能理解具有不同筛选目的的这些鉴定基因的生物学功能。在这里，我们开发了用于支持下游分析的Mageckflute。Mageckflute提供了几种策略，以消除SGRNA级读数计数和基因级β分数中的潜在偏差。包装的下游分析包括识别基本，非必需和靶标相关的基因，并进行生物学功能类别分析，途径富集分析和对这些基因的蛋白质复合物富集分析。该软件包还以多种方式可视化基因，使用户探索筛选数据。总体而言，MageCkflute可以准确鉴定基本，非必需基因及其相关的生物学功能。 This vignette explains the use of the package and demonstrates typical workflows.

作者：Binbin Wang，Wubing Zhang，Feizhen Wu，Wei Li＆X。ShirleyLiu

维护者：张张

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ mageckflute”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ MageckFlute”）

html	R脚本	mageckflute.rmd
html	R脚本	mageckflute_enrichment.rmd
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	CRISPR，，，，功能基因组学，，，，基因烯，，，，遗传学，，，，kegg，，，，正常化，，，，途径，，，，合并屏幕，，，，QualityControl，，，，软件，，，，可视化
版本	2.1.0
在生物导体中	Bioc 3.7（R-3.5）（4年）
执照	GPL（> = 3）
要看	R（> = 4.1）
进口	生物酶，，，，栅格，，，，GGPLOT2，，，，Ggrepel，grdevices，网格，RESHAPE2，统计，utils，剂量，，，，clusterProfiler，，，，PathView，，，，富集，，，，msigdbr，，，，DEPMAP
链接
建议	Biomart，，，，生物使用，，，，Dendextend，图形，尼特，，，，pheatmap，，，，PNG，，，，秤，，，，SVA，，，，生物管理器
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我	蜘蛛网
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	mageckflute_2.1.0.tar.gz
Windows二进制	mageckflute_2.1.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	mageckflute_2.1.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mageckflute
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/mageckflute
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/mageckflute/
软件包下载报告	下载统计