MMAPPR2

DOI:10.18129 / B9.bioc.MMAPPR2

这是发展MMAPPR2版本;稳定发布版本请参见MMAPPR2．

聚合RNA-Seq的突变映射分析管道

Bioconductor版本:开发(3.16)

MMAPPR2映射由正向遗传筛选F2交叉的RNA-seq数据汇集而成的突变。它的前身发表在《基因组研究》(Hill et al. 2013)上的一篇论文中。MMAPPR2接受对齐的BAM文件以及参考基因组作为输入，识别对照和突变RNA序列之间序列差异高的位点，使用ensemble 's variant Effect Predictor预测变异效应，并输出候选突变的排序列表。

作者:凯尔·约翰森[中文]，纳撒尼尔·詹金斯[中文]，乔纳森·希尔[中文]

维护者:Jonathon Hill

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("MMAPPR2")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	DNASeq，PooledScreens，RNASeq，软件，VariantDetection
版本	1.11.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (R-3.6)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	ensemblVEP(> = 1.20.0),gmapR，Rsamtools，VariantAnnotation，BiocParallel，Biobase，BiocGenerics，dplyr，GenomeInfoDb，GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，tidyr，VariantTools，magrittr，方法，grDevices，图形，统计，工具，stringr，data.table
链接
建议	testthat，嘲笑，roxygen2，knitr，rmarkdown，BiocStyle，MMAPPR2data
SystemRequirements	运用,Samtools
增强了
URL	https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3613585/https://github.com/kjohnsen/MMAPPR2
BugReports	https://github.com/kjohnsen/MMAPPR2/issues
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MMAPPR2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MMAPPR2
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MMAPPR2/
包下载报告	下载数据