Matrixqcvis

doi：10.18129/b9.bioc.matrixqcvis

这是发展MatrixQcvis的版本;对于稳定版本，请参阅Matrixqcvis。

OMIC数据的基于闪亮的交互式数据质量探索

生物导体版本：开发（3.16）

数据质量评估是准备数据分析的组成部分，以确保合理的生物信息检索。我们在此提出了MatrixQCVIS软件包，该软件包可在按样本和每个功能级别提供基于闪亮的数据质量指标的闪亮交互式可视化。它广泛适用于以矩阵状格式（功能X示例）出现的定量OMIC数据类型。它可以检测数据集中的低质量样本，漂移，离群值和批处理效应。可视化包括（计数/强度）值的bar和小提琴图，平均值与标准偏差图，MA图，经验累积分布函数（ECDF）图，样品之间距离的可视化以及多种类型的尺寸减少图。此外，MatrixQCVI允许基于Limma（调节的t检验）和Proda（Wald Tests）软件包进行差异表达分析。MatrixQCVIS建立在流行的生物导体总结S4类的基础上，因此可以轻松地集成到现有的工作流程中。该软件包尤其针对代谢组学和蛋白质组学质谱数据量身定制，但也允许评估可以在摘要的特有对象中表示的其他数据类型的数据质量。

作者：Thomas Naake [AUT，CRE]，Wolfgang Huber [AUT]

维护者：thomas naake

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ matrixqccvis”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ matrixqcvis”）

html	R脚本	基于闪亮的交互式数据质量探索OMICS数据
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	维度，，，，GUI，，，，代谢组学，，，，蛋白质组学，，，，软件，，，，可视化
版本	1.5.5
在生物导体中	Bioc 3.13（R-4.1）（1。5年）
执照	GPL（> = 3）
要看	总结性特征（> = 1.20.0），情节（> = 4.9.3），闪亮的（> = 1.6.0）
进口	复杂的图像（> = 2.7.9），dplyr（> = 1.0.5），GGPLOT2（> = 3.3.3），grdevices（> = 4.1.0），HMISC（> = 4.5-0），htmlwidgets（> = 1.5.3），算（> = 1.65.0），IMPUTELCMD（> = 2.0），林玛（> = 3.47.12），方法（> = 4.1.0），pcamethods（> = 1.83.0），Proda（> = 1.5.0），rlang（> = 0.4.10），rmarkDown（> = 2.7），RTSNE（> = 0.15），S4VECTORS（> = 0.29.15），发光的dashboard（> = 0.7.1），Skinhelper（> = 0.3.2），Shinyjs（> = 2.0.0），Stats（> = 4.1.0），蒂布尔（> = 3.1.1），花花公子（> = 1.1.3），UMAP（> = 0.2.7.0），insctr（> = 1.4.0），素食主义者（> = 2.5-7），VSN（> = 3.59.1）
链接
建议	生物基因（> = 0.37.4），生物使用（> = 2.19.2），Hexbin（> = 1.28.2），尼特（> = 1.33），测试（> = 3.0.2）
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	matrixqcvis_1.5.5.5.tar.gz
Windows二进制	matrixqcvis_1.5.5.5.zip
MacOS 10.13（高山脉）	matrixqcvis_1.5.5.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/matrixqcvis
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/matrixqcvis
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/matrixqcvis/
软件包下载报告	下载统计