MicrobiomeProfiler

DOI:10.18129 / B9.bioc.MicrobiomeProfiler

这是发展MicrobiomeProfiler版本;稳定版请参见MicrobiomeProfiler．

用于微生物功能富集分析的R/shiny包

Bioconductor版本:开发(3.16)

这是一个R/shiny包，用于对微生物组数据进行功能富集分析。这个包基于clusterProfiler。此外，MicrobiomeProfiler支持KEGG富集分析，COG富集分析，微生物-疾病关联富集分析，代谢通路分析。

作者:陈美君[aut, cre]， Guangchuang Yu [aut, ths]

维护者:Meijun Chen

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("MicrobiomeProfiler")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MicrobiomeProfiler”)

超文本标记语言	R脚本	MicrobiomeProfiler
PDF		参考手册

细节

biocViews	KEGG，微生物组，软件，可视化
版本	1.3.0
在Bioconductor	BioC 3.14 (R-4.1)(0.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	clusterProfiler(> = 4.0.2),配置，DT，enrichplot，傀儡，magrittr，闪亮的(> = 1.6.0),shinyWidgets，shinycustomloader，htmltools，ggplot2，图形，utils
链接
建议	rmarkdown，knitr，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiomeProfiler/
BugReports	https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiomeProfiler/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	MicrobiomeProfiler_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	MicrobiomeProfiler_1.3.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	MicrobiomeProfiler_1.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MicrobiomeProfiler
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MicrobiomeProfiler
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MicrobiomeProfiler/
软件包下载报告	下载数据