Motif2Site

DOI:10.18129 / B9.bioc.Motif2Site

这是发展Motif2Site版本;稳定的发布版本,请参阅Motif2Site。

从主题和ChIP-seq实验检测结合位点,并在条件比较结合位点

Bioconductor版本:发展(3.16)

检测使用IUPAC图案序列结合位点或床上坐标和ChIP-seq实验在床上或bam格式。上的结合位点结合/比较实验,组织,或条件。所有标准化和微分使用TMM-GLM方法步骤做。信号分解是通过设置图案的中心的混合正态分布曲线。

作者:Peyman Zarrineh (cre, aut)

维护人员:Peyman Zarrineh < Peyman。在manchester.ac.uk zarrineh >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“Motif2Site”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“Motif2Site”)

HTML	R脚本	Motif2Site
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,DifferentialPeakCalling,表观遗传学,SequenceMatching,测序,软件
版本	1.1.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(< 6个月)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.1)
进口	S4Vectors,跑龙套统计方法、grDevices图形,BiocGenerics,BSgenome,GenomeInfoDb,质量,IRanges,GenomicRanges,Biostrings,GenomicAlignments,刨边机,mixtools
链接
建议	BiocStyle,rmarkdown,knitr,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3,BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/ManchesterBioinference/Motif2Site/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	Motif2Site_1.1.0.tar.gz
Windows二进制	Motif2Site_1.1.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	Motif2Site_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Motif2Site
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Motif2Site
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Motif2Site/
包下载报告	下载数据