诺斯

doi：10.18129/b9.bioc.norce

这是发展Norce的版本；对于稳定版本，请参阅诺斯。

NORCE：非编码RNA设置顺式注释和富集

生物导体版本：开发（3.16）

虽然某些非编码RNA（NCRNA）是指关键的调节作用，但大多数在功能上仍然没有表征。每当需要在功能环境中分析一组有趣的NCRNA时，这会提出挑战。位于基因组附近的转录本通常会一起调节。序列上的这种基因组接近性可以暗示功能关联。我们提出了一种工具Norce，该工具对给定的NCRNA进行了CIS富集分析。使用位于输入NCRNA的近端的编码基因的功能注释进行富集。可以合并其他与生物学相关的信息，例如拓扑关联域（TAD）边界，共表达模式和miRNA目标预测信息，以进行更丰富的富集分析。为此，NORCE包括几个相关数据集作为其数据存储库的一部分，包括细胞系特定的TAD边界，功能基因集和用于癌症的编码和NCRNA的表达数据。此外，用户可以在调查中使用自定义数据文件。富集结果可以以表格格式检索或以几种不同的方式可视化。 NoRCE is currently available for the following species: human, mouse, rat, zebrafish, fruit fly, worm, and yeast.

作者：Gulden Olgun [AUT，CRE]

维护者：Gulden Olgun

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ norce”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Norce”）

html	R脚本	非编码RNA集顺式注释和富集
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	生物问题，，，，差异性，，，，去，，，，基因烯，，，，遗传学，，，，基因数，，，，基因组组件，，，，软件
版本	1.9.0
在生物导体中	Bioc 3.11（R-4.0）（2年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 4.0）
进口	keggrest，，，，PNG，，，，dplyr，图形，rsqlite，，，，DBI，，，，花花公子，grdevices，S4VECTORS，，，，总结性特征，，，，Reactome.db，，，，rwikipathways，，，，rcurl，，，，dbplyr，utils，GGPLOT2，，，，Igraph，统计RESHAPE2，，，，readr，，，，go.db，，，，Zlibbioc，，，，Biomart，，，，rtracklayer，，，，iranges，，，，基因组机，，，，GenomicFeatures，，，，AnnotationDbi
链接
建议	尼特，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，txdb.drerio.ucsc.danrer10.refgene，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene，，，，txdb.dmelanogaster.ucsc.dm6.ensgene，，，，测试，，，，txdb.celegans.ucsc.ce11.refgene，，，，rmarkDown，，，，txdb.rnorvegicus.ucsc.rn6.refgene，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，org.mm.eg.db，，，，org.rn.eg.db，，，，org.hs.eg.db，，，，org.dr.eg.db，，，，生物基因，，，，org.sc.sgd.db，，，，org.ce.eg.db，，，，org.dm.eg.db， 方法，降价
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/guldenolgun/norce/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	norce_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	norce_1.9.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	norce_1.9.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/norce
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/norce
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/norce/
软件包下载报告	下载统计