nxtirfcore

doi：10.18129/b9.bioc.nxtirfcore

这是发展nxtirfcore的版本；对于稳定版本，请参阅nxtirfcore。

NXTIRF的核心引擎：使用Irfinder引擎的用户友好的内含子保留和替代剪接分析

生物导体版本：开发（3.16）

互动分析RNA-Seq数据中的内含子保留和替代剪接事件（ASE）。NXTIRF使用剪接意识到的对准器（例如Star）量化BAM文件中的ASE事件。核心定量算法依赖于通过RCPP移植的IRFINDER/C ++引擎，以获得多平台的兼容性。此外，NXTIRF提供了方便的管道，用于下游分析和出版物就绪可视化工具。

作者：Alex Chit Hei Wong [AUT，CRE，CPH]，William Ritchie [AUT，CPH]，Ulf Schmitz [CTB]

维护者：Alex Chit Hei Wong

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ nxtirfcore”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ nxtirfcore”）

html	R脚本	NXTIRFCORE：差分替代剪接和内含子保留分析
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	替代方案，，，，覆盖范围，，，，差速器，，，，rnaseq，，，，软件，，，，转录组学
版本	1.3.1
在生物导体中	Bioc 3.14（R-4.1）（0.5岁）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	r（> = 3.5.0），nxtirfdata
进口	方法，统计，UTIT，工具，并行，马格里特，，，，RCPP（> = 1.0.5），Data.Table，，，，FST，，，，GGPLOT2，，，，AnnotationHub，，，，Biocfilecache，，，，生物基因，，，，生物比较，，，，生物弦，，，，BSGENOME，，，，延迟，，，，延迟的matrixstats，，，，GeneFilter，，，，GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，HDF5Array，，，，iranges，，，，情节，，，，r.utils，，，，RHDF5，，，，rtracklayer，，，，总结性特征，，，，S4VECTORS
链接	RCPP，，，，Zlibbioc，，，，rcppprogress
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，pheatmap，，，，闪亮的，，，，Openssl，，，，蜡笔，，，，蛋，，，，deseq2，，，，林玛，，，，DoubleExpSeq，，，，rsubread，，，，测试（> = 3.0.0）
系统要求	C ++ 11
增强
URL	https://github.com/alexchwong/nxtirfcore
BugReports	https://support.bioconductor.org/
取决于我
进口我
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构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	nxtirfcore_1.3.1.tar.gz
Windows二进制	nxtirfcore_1.3.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）	nxtirfcore_1.3.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nxtirfcore
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/nxtirfcore
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/nxtirfcore/
软件包下载报告	下载统计